【直播】我的基因组 33：用samstat软件对sam文件做统计 / 开普饭

转录组学习一(软件安装)转录组学习二(数据下载)转录组学习三(数据质控)转录组学习四(参考基因组及gtf注释探究)转录组学习五(reads的比对与samtools排序)转录组学习六(reads计数与标 ...

本文介绍临床Gene Panel检测的「实验流程」及「生物信息学分析流程」(下图为MSK-IMPACT 468基因panel的检测流程,各产品流程也大同小异,本文参考此流程). 个人能力有限,欢迎指出 ...

前面我们讲解了VCF文件的基础信息,其中第8列的信息可以无限丰富,但是通常我们的call variation的软件默认只给出有限的信息,有的甚至都不会告诉你该变异的基本分类,我们就需要自己做了,就是把 ...

那么现在正式的开始第61讲: 其实这次的call variation的软件,不仅仅是找到SNV,也顺便找到了indel,只是可能不太准确.一般业界的公认标准是 GATK的best practice,不 ...

GATK教程我以前写过(GATK使用注意事项:http://www.bio-info-trainee.com/838.html) 这个步骤分成2个小步骤: 首先用RealignerTargetCrea ...

上一讲我们说道Qualimap这个软件,那我们现在仔细了解下这个软件吧! 比如下面这个覆盖度与测序深度的图来说: 如果我们自己要对55G的bam文件进行统计,可以sort好之后用samtools的mp ...

首先要把bam文件根据lane的标记来拆开,前面我们提到了把bam文件根据染色体来拆开的软件是bamtools,它还可以指定 -tag RG 来把这个bam文件按照原来的测序上样品的lane给分离开( ...

前面我们说到了那些简单的由单个基因决定的性状,这东西不需要预测,其中的生物学机制已经研究的非常透彻,只要拿到你的基因信息,很容易推断你的性状,比如人的乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶等多种乙醇代谢基因,你本身是 ...

最近的全国巡讲不少人问到我两年前的直播基因组系列教程的完整目录,这里先放出直播我的基因组(第一阶段)完整目录.(悄悄告诉你,后台回复直播可以拿到精排版EXCEL表格!)(然后,点击阅读原文也可以拿到可 ...

写在前面前述已经提及,接下来会有一系列推文是我的好基友 - 比较基因组小王子出品.目前,我手上已经拿到系列推文主题,包括但不仅限于: 点阵图(dotplot) 共线性(collinearity) ...

短视频火爆以后,随着5G时代的来临,直播也愈加火热.于是就有人想着,能不能无人直播来取代真人直播直接带货赚钱! 答案当然是肯定的! 今天家里蹲教育创始人酒哥来给大家好好的盘点一下无人直播技术的相关问题 ...

【直播】我的基因组 33：用samstat软件对sam文件做统计