【直播】我的基因组 34：Qualimap对比对好的bam文件进行统计及可视化 / 开普饭

使用qualimap对wes的比对bam人家总结测序深度和覆盖度ls -lh *raw.vcf-rwxrwxrwx 1 root root 184M Jun 7 10:58 SRR7696207_ra ...

在此之前,我不止一次强调过QC的重要性,对全基因组测序等以找variation为主的分析流程来说,不仅仅是对测序数据的QC,还有比对之后的sam/bam文件也需要QC,最后找出的variation文件 ...

在此之前,我们分别在十七,十八讲中讲到了multiple mapping,PCR duplication的情况,在分析我的基因组时呢,肯定要去除掉multiple mapping.PCR duplic ...

昨天,我们了解了一下SAM格式的比对结果,不知道大家理解的怎么样.但是全基因组测序数据实在是太大了,即使比对后把sam文件压缩成二进制的bam文件也还有55G(如何压缩转换可查看直播十二),如果完整的 ...

首先要把bam文件根据lane的标记来拆开,前面我们提到了把bam文件根据染色体来拆开的软件是bamtools,它还可以指定 -tag RG 来把这个bam文件按照原来的测序上样品的lane给分离开( ...

前面我们说到了那些简单的由单个基因决定的性状,这东西不需要预测,其中的生物学机制已经研究的非常透彻,只要拿到你的基因信息,很容易推断你的性状,比如人的乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶等多种乙醇代谢基因,你本身是 ...

最近的全国巡讲不少人问到我两年前的直播基因组系列教程的完整目录,这里先放出直播我的基因组(第一阶段)完整目录.(悄悄告诉你,后台回复直播可以拿到精排版EXCEL表格!)(然后,点击阅读原文也可以拿到可 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,"宏基因组"+"Binn ...

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进到align目录对质量好的测序数据进行比对 1. 一个个比对,生成BAM文件 align目录 sample=SRR7696207 bwa mem -t 2 -R "@RG\tID:$sa ...

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