Omics精进10|bwa aln|mem|bwasw怎么选 / 开普饭

bowtie2 以前都是和samtools组合,如下: bowtie2 -x $index -U $id | samtools sort -@ 4 -o $sample.bam - 运行速度很慢,现 ...

NGS数据分析实践:06. 数据预处理 - 序列比对+PCR重复标记+Indel区域重比对+碱基质量重校正目录 1. 序列比对 1.1 参考基因组建索引 1.2 序列比对 2. 排序 3. PCR重 ...

前面我们说到过可以用软件或者自己写脚本从已经比对到参考基因组的sam/bam格式文件提取出原始的测序fastq文件. 但是我在IGV里面检查bam文件的时候发现了一些难以理解的现象,所以趁这个机会把它 ...

写在前面最近主要忙一些植物群体基因组数据的项目.前面提过,赶时间,全基因组的 SNP Calling 使用 GATK 流程,还是需要跑上两三天.但这个还是耗时,并不一定能够赶上工期.于是我将目标转移 ...

咱们<生信技能树>的B站有一个lncRNA数据分析实战,缺乏配套笔记,所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享,以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程! 下面是100个l ...

最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想重新分析一下他自己领域的一个文章的转录组测序数据.因为那个文章并没有提供表达量矩阵,不过万幸的是人家上传了原始测序数据. 因为他的课题是 ...

进到align目录对质量好的测序数据进行比对 1. 一个个比对,生成BAM文件 align目录 sample=SRR7696207 bwa mem -t 2 -R "@RG\tID:$sa ...

前面我们扯到bam文件的各种操作,vcf文件的各种操作,基础知识不牢固的同学可能已经云里雾里了.这次我们来讲一个简单的.就是拿到了fastq的测序数据,如何把全基因组分析给跑一遍.(不谈细节!) 首先 ...

4种策略简介 whole-genome sequencing (WGS).whole-exome sequencing (WES).targeted-panel sequencing(Gene pan ...

本文目录国外泛癌Panel产品国内癌种小Panel产品 Panel长啥样 Panel关键参数 Panel设计 reference 国内外泛癌Panel产品「获FDA批准」,目前仅有以下三个泛癌p ...

胚系突变(Germline Mutation)和体细胞突变(Somatic Mutation)在WES.WGS.Gene Panel检测时常常遇到,二者最大的区别是「胚系突变可以遗传给后代,而体细胞突 ...

本文介绍临床Gene Panel检测的「实验流程」及「生物信息学分析流程」(下图为MSK-IMPACT 468基因panel的检测流程,各产品流程也大同小异,本文参考此流程). 个人能力有限,欢迎指出 ...

本文目录 UMI简介实验流程生物信息学分析流程(带UMI标签) Trimmomatic或cutadapt过滤 FastQc数据质控 picard进行uBAM转换 fgbio提取UMI信息 samtoo ...

专业的解读报告, 报告有临床意义的变异,才能及时辅助医生提供个性化治疗: 「报告解读」在临床基因检测中扮演非常重要的角色,「非常依赖经验和专业知识」,因个人知识有限,「本文简单介绍」. ❞ Gene ...

转录组测序简介「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , pi ...

本文介绍「mRNA测序文库」构建. ❞ mRNA文库构建主要步骤如下, 详细一点,左边为构建过程,右边为质控过程. total RNA提取上图黄色为残留DNA,DNA酶即可消化. total RNA ...

本文介绍「mRNA生信分析流程」 ❞ mRNA生信分析速览 mRNA生信分析主要包含以下各部分. mRNA分析详细步骤数据质控及过滤 FastQC数据质控关注测序数据的碱基质量.GC比等,见上图红 ...

Omics精进10|bwa aln|mem|bwasw怎么选