Omics精进02|临床Gene Panel设计 / 开普饭

之前使用过 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene 包来获取基因的坐标及长度,代码如下: library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene ...

背景目前市面上的肿瘤靶向用药基因检测Panel已非常常见,除了直观层面的gene种类.数目.捕获建库方法的不同外,对于肿瘤panel, 探针定制之初相关的MSI位点.融合断点等设计,直接影响着同一个 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2542天肿瘤免疫分析神器肿瘤微环境中免疫细胞的组成和丰度是影响肿瘤进展和免疫治疗效果的重要因素.由于直接测量方法的局限性,计算算法通常用于从肿瘤转录组图谱推断免疫细胞 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2236天大家好,我是风.有肿瘤研究方向的学员来问我,能不能为新人来详细分析一篇肿瘤研究的零代码生信文章,今天这篇Identification of Therapeuti ...

2017年11月16日,今年非常活跃的FDA,继批准首款不区分肿瘤来源的免疫治疗方案后,又在昨天送出巨大惊喜--开通特殊审批通道,批准纪念斯隆-凯特琳癌症中心(Memorial Sloan-Kette ...

大家自己的课题如果聚焦到了某些基因,通常是想看看它们是否是肿瘤相关基因,比如肿瘤驱动基因,抑癌基因等等,这里主要是:oncoKB和CCG的list OncoKB Cancer Gene List On ...

本文介绍临床Gene Panel检测的「实验流程」及「生物信息学分析流程」(下图为MSK-IMPACT 468基因panel的检测流程,各产品流程也大同小异,本文参考此流程). 个人能力有限,欢迎指出 ...

本文目录 UMI简介实验流程生物信息学分析流程(带UMI标签) Trimmomatic或cutadapt过滤 FastQc数据质控 picard进行uBAM转换 fgbio提取UMI信息 samtoo ...

4种策略简介 whole-genome sequencing (WGS).whole-exome sequencing (WES).targeted-panel sequencing(Gene pan ...

专业的解读报告, 报告有临床意义的变异,才能及时辅助医生提供个性化治疗: 「报告解读」在临床基因检测中扮演非常重要的角色,「非常依赖经验和专业知识」,因个人知识有限,「本文简单介绍」. ❞ Gene ...

以下内容为深圳市知行创新工业设计公司创始人兼设计总监邹韬先生于1月14日晚,在中国工业设计学者联盟②微信群组织的公益学术活动"工业设计微学术交流月"第二季第一场分享中所做的报告内容 ...

胚系突变(Germline Mutation)和体细胞突变(Somatic Mutation)在WES.WGS.Gene Panel检测时常常遇到,二者最大的区别是「胚系突变可以遗传给后代,而体细胞突 ...

转录组测序简介「转录组」(Transcriptome)是组织中单个或一组细胞某个状态下DNA转录出的所有RNA集合,所有RNA可分为「编码RNA」(mRNA)和「非编码RNA」(miRNA , pi ...

本文介绍「mRNA测序文库」构建. ❞ mRNA文库构建主要步骤如下, 详细一点,左边为构建过程,右边为质控过程. total RNA提取上图黄色为残留DNA,DNA酶即可消化. total RNA ...

本文介绍「mRNA生信分析流程」 ❞ mRNA生信分析速览 mRNA生信分析主要包含以下各部分. mRNA分析详细步骤数据质控及过滤 FastQC数据质控关注测序数据的碱基质量.GC比等,见上图红 ...

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