【直播】我的基因组47:测序深度和GC含量的关系 / 开普饭

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读线性回归是利用数理统计中的回归分析,来确定两种或两种以上变量间相互依赖的定量关系的一种统计分析方法,运用十分广泛.回 ...

二代测序基础知识二代测序基础概念 (这个是与二代测序相关每个部门都要掌握的) FQ数据格式高通量测序(如Illumina HiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识 ...

Illumina 再遇强劲对手. 近日,DNA 测序技术公司 Element Biosciences(以下简称 "Element")宣布完成 2.75 亿美元的 C 轮融资,用来推 ...

以前是自己写脚本: [直播]我的基因组47:测序深度和GC含量的关系可能是太复杂,大多数读者表示看不懂,所以我重新使用已有的轮子来做这件事. 下载hg38参考基因组直接谷歌搜索即可: 拿到下载链接 ...

看来本次直播我的基因组分析流程效果还不错,不少朋友跟着自己动手开始分析全基因组测试数据了,值得表扬.其中有好几个朋友留言向我反映公司给的统计报告里面的覆盖度的问题,如下图: 我在第 8讲中写道,每条染 ...

今天的我们,还是继续探究那一个困扰我这么久的问题.为什么我作为堂堂正正的男性,明明X,Y染色体都只有一条,可是却测到了那么多的杂合突变的问题. 在之前,我们在QC阶段详细的探究了X,Y染色体的覆盖度和 ...

目前我使用的仍然是hg19系统的参考基因组,所以就在gencode数据库里面下载了基于hg19的gtf注释文件,并格式化如下: head ~/reference/gtf/gencode/protein ...

上一讲中,我们对蛋白的编码基因的测序深度和覆盖度进行了统计,其中有的覆盖度很高,有的覆盖度却又很低,针对这个统计出的测序深度及覆盖度,我们就可以做一些简单的统计及分析. 首先,可以看看覆盖度为10%~ ...

这一讲里,我们依旧根据统计的基因测序的深度进行一下讨论,来看看为什么有些基因的内部测序深度差异如此大? 在前面我们的计算中,s列表示的是基因的每一个坐标的测序深度的方差,所以代表着基因的内部测序深度差 ...

在前面的直播基因组系列,我们讲解过那些比对不少我们人类的参考基因组序列的数据,其实可以细致的进行探究.直播]我的基因组(十五):提取未比对的测序数据这里主要参考这篇文章的图4:http://www.n ...

编译:夕夕,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读西瓜是一种重要的蔬菜作物,在美国已被广泛种植,全球产量约为1亿吨.白粉病菌引起的白粉病(PM)是西瓜主要生产限制因素.美国农业部在南卡 ...

本文由李苗苗编译,董小橙.江舜尧编辑. 原创微文,欢迎转发转载. 导读我们在此报告了一个平台,其可以提高高通量测序的敏感性,用于检测和表征细菌.毒力决定因子和抗菌耐药性(AMR)基因.该系统使用由基 ...

【直播】我的基因组47:测序深度和GC含量的关系