【直播】我的基因组50:从测序深度和位点间距来看SNV分布情况 / 开普饭

bam, bedgraph, bigwig是3种常见的存储测序深度信息的文件,都可以方便的导入IGV浏览器进行查看,其中bigwig最为常用.在chip_seq, atac_seq中,通常都会提供该种 ...

看来本次直播我的基因组分析流程效果还不错,不少朋友跟着自己动手开始分析全基因组测试数据了,值得表扬.其中有好几个朋友留言向我反映公司给的统计报告里面的覆盖度的问题,如下图: 我在第 8讲中写道,每条染 ...

在前面我们用 ChIP-seq 的分析方法可视化了一下我的 WGS数据,结果我们的测序深度分布居然是跟基因组的genomic feature相关. 比如在TSS附近,就很明显看到了一个测序深度峰值(具 ...

目前我使用的仍然是hg19系统的参考基因组,所以就在gencode数据库里面下载了基于hg19的gtf注释文件,并格式化如下: head ~/reference/gtf/gencode/protein ...

上一讲中,我们对蛋白的编码基因的测序深度和覆盖度进行了统计,其中有的覆盖度很高,有的覆盖度却又很低,针对这个统计出的测序深度及覆盖度,我们就可以做一些简单的统计及分析. 首先,可以看看覆盖度为10%~ ...

这一讲里,我们依旧根据统计的基因测序的深度进行一下讨论,来看看为什么有些基因的内部测序深度差异如此大? 在前面我们的计算中,s列表示的是基因的每一个坐标的测序深度的方差,所以代表着基因的内部测序深度差 ...

以前是自己写脚本: [直播]我的基因组47:测序深度和GC含量的关系可能是太复杂,大多数读者表示看不懂,所以我重新使用已有的轮子来做这件事. 下载hg38参考基因组直接谷歌搜索即可: 拿到下载链接 ...

一直以来,为让大家更好地了解学界业界优秀的论文和工作,极市已邀请了超过90位技术大咖嘉宾,并完成了82期极市线上直播分享.往期分享请前往bbs.cvmart.net/topics/149或直接阅读原文 ...

编译:Rivc,编辑:小菌菌.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读来自生活各个领域的微生物与植物建立了联系.尽管有些危害植物,但其他一些则可以拮抗病原体或启动植物免疫系统,支持营养获取,调节植物 ...

推荐:江舜尧编译:微遗传编辑:董小橙 2019年5月15日纽约大学医学院微生物学系.威康桑格研究所John A. Lees等研究人员在著名期刊<Nature Communications&g ...

【直播】我的基因组50:从测序深度和位点间距来看SNV分布情况