【直播】我的基因组19：根据比对结果来统计测序深度和覆盖度 / 开普饭

写在前面 Kallisto 是一款 "Alignmnet-Free" 的转录组表达量估计的工具.其提出了一种 "pseudoalignment " 的概念,实则 ...

写在前面最近主要忙一些植物群体基因组数据的项目.前面提过,赶时间,全基因组的 SNP Calling 使用 GATK 流程,还是需要跑上两三天.但这个还是耗时,并不一定能够赶上工期.于是我将目标转移 ...

目前我使用的仍然是hg19系统的参考基因组,所以就在gencode数据库里面下载了基于hg19的gtf注释文件,并格式化如下: head ~/reference/gtf/gencode/protein ...

上一讲中,我们对蛋白的编码基因的测序深度和覆盖度进行了统计,其中有的覆盖度很高,有的覆盖度却又很低,针对这个统计出的测序深度及覆盖度,我们就可以做一些简单的统计及分析. 首先,可以看看覆盖度为10%~ ...

这一讲里,我们依旧根据统计的基因测序的深度进行一下讨论,来看看为什么有些基因的内部测序深度差异如此大? 在前面我们的计算中,s列表示的是基因的每一个坐标的测序深度的方差,所以代表着基因的内部测序深度差 ...

以前是自己写脚本: [直播]我的基因组47:测序深度和GC含量的关系可能是太复杂,大多数读者表示看不懂,所以我重新使用已有的轮子来做这件事. 下载hg38参考基因组直接谷歌搜索即可: 拿到下载链接 ...

直播回放详情 4.19直播回放今晚八点05分抖音直播,直播抖音号为:kuangren8880 不定期给群友们上号调整,抽取方式如:狂人在群中发红包,抢到的朋友们就是相当于抽中啦抽中的群友可以咨询 ...

这类情况仅仅针对于双端测序数据,因为根据实验原理来看,对一个DNA片段,会把它的左右两端分别测序,但是测序仪器的测序长度有限,对本次实验来说,打断的DNA片段长度在350个碱基左右(这个长度只是一个分 ...

在前面我们用 ChIP-seq 的分析方法可视化了一下我的 WGS数据,结果我们的测序深度分布居然是跟基因组的genomic feature相关. 比如在TSS附近,就很明显看到了一个测序深度峰值(具 ...

今天的我们,还是继续探究那一个困扰我这么久的问题.为什么我作为堂堂正正的男性,明明X,Y染色体都只有一条,可是却测到了那么多的杂合突变的问题. 在之前,我们在QC阶段详细的探究了X,Y染色体的覆盖度和 ...

前面我们说到了那些简单的由单个基因决定的性状,这东西不需要预测,其中的生物学机制已经研究的非常透彻,只要拿到你的基因信息,很容易推断你的性状,比如人的乙醇脱氢酶和乙醛脱氢酶等多种乙醇代谢基因,你本身是 ...

【直播】我的基因组19：根据比对结果来统计测序深度和覆盖度