EZBioCloud：16S和原核基因组物种注释和新种鉴定 / 开普饭

[toc] 写在前面 kraken基于mini数据库.并且这个序列也比较少,所以,很快就能完成继续处理胶水操作:提取序列名称 zcat ./trimmomatic/SUBERR793599_for ...

写在前面开学两周了,学校也没有什么人,想起来还有一份教程还没有兑现得大家,就将这部分完成,代码 + 数据一起送给大家. 欢迎大家留言打卡学习.最近在学习csvtk工具,十分强大,也是好东西. 早在 ...

长链非编码RNA(lncRNA)是一类新型调控分子,它在从胚胎发育到肿瘤发生等在多种生理病理过程中发挥重要调控作用.虽然人类lncRNA发现数量和规模快速扩张,但这些工具仅支持从单一角度对长非编码RN ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读宏基因组由来: 微生物世界是分子多样性最大的天然资源库,基于菌株水平的传统分离培养技术为人们认识微生物多样性提供了可 ...

病毒是地球上数量最多的生物实体,其中细菌病毒(即噬菌体)约有1031个类群,从海洋到陆地再到人体几乎都是它们的栖息地.研究者将病毒视为调节人类生态系统的重要成员,人体内主要包括真核病毒和噬菌体,包括双 ...

数据分析内容 1) microRNA长度分布统计以验证试验可靠性应用fastx(fastx_toolkit-0.0.13.2)对测序原始reads进行预处理,去除接头序列以及低质量序列. 图为经过长 ...

写下前面: 现在已经是19年了,年底也快到了,各地的会议也在朋友圈此起彼伏.想想我做生物信息也三年了.故事总在发展着,去年我总结了我的生信之路,写了我是如何开始做生信的.今天我将为大家带来新的一年来的 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读宏转录组宏转录组测序是对某一特定时期.特定环境样品中的全部微生物的RNA进行高通量测序,直接获得该环境中所有微生物 ...

[TOC] 写在前面这是对宏基因组提取扩增子序列16S分析的第二部分,这部分将核糖体RNA基因组装后进行分析.上一节我们使用了 bbmap提取了核糖体序列,但是单纯用于ASV的方法聚类是不行的,以为 ...

简介 kraken是基于k-mer精确比对,并采用最LCA投票结果快速宏基因组DNA序列进行物种注释的软件. 图. Kraken2分类基本原理该文章于2014年发表于Genome Biology,目 ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

[toc] 写在前面这部分主要用于注释功能,使用的还是之前分组装的结果(spades) ,其实之前已经对这个组装序列进行过多次物种和功能注释,例如megan一站式注释物种和功能.kraken注释物种 ...

宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程从宿主相关的短读长鸟枪宏基因组测序数据中恢复原核基因组 Recovering prokaryotic genomes from host-associated, s ...

简介 MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌.古菌.真核生物和病毒)组成的工具,它在宏基因组研究中非常有用,只需一条完命令即可获得微生物的物种丰度信息(扩增子物种组成需要质控.拼接.拆样本.切除引 ...

目录一.什么是参考基因组和基因组注释?二.参考基因组版本命名1.常用人参考基因组对应表2.常用小鼠参考基因组对应表三.下载1.NCBI2.Ensemble3.GENCODE4.UCSC5.iGenom ...

响应生信技能树的号召:lncRNA数据分析传送门 , 一起来一个lncRNA数据分析实战! 下载原始测序数据: 在GEO数据库搜索GSE87182, 这里没有直接给出ftp地址,需要先从BioProj ...

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