【直播】我的基因组（十）:测序数据质量控制 / 开普饭

NGS数据分析实践:05. 测序数据的基本质控 [1] - FastQC 目录前言 1. FastQC 1.1 帮助信息及运行代码 1.2 报告解读 1.3 小结文接上篇:NGS数据分析实践:04 ...

写在前面前述,我说过了,要通过 TBtools 的插件开发,让任何人都可以在自己的笔记本上完成基本的高通量测序数据分析(公开可获取的).大体步骤如下: SRA 数据下载 - 已完成 SRAtoFas ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本系列的上一篇推文,即"开篇"中已经描述了宏基因组研究的基本思路和方法.先回顾一下,首先是收集样 ...

对原始测序fq文件数据进行质量控制任务了解fastq测序数据需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量! 作业,理解测 ...

咱们<生信技能树>的B站有一个ChIP-seq数据分析实战视频课程,缺乏配套笔记.恰好前些天的求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,走大运结识了几位优秀小伙伴! 其中中国医科大 ...

之前我们说了比对上的数据,那么会有人想到有没有没有比对上的数据呢? 既然是从我的血液里面提取到的DNA进行测序的,那么理论上测序仪出来的所有测序reads都应该是我的,也应该都可以比对到人类的参考基因 ...

首先记住一个很重要的知识点,变异是相对的! 简单说一下什么是找变异,变异跟突变有什么区别呢?举个栗子:有国际组织规定了人类的参考基因组(如UCSC,ENSEMBL,NCBI等,前面帖子都有讲),就是 ...

由于我是分期付款,所以我先拿到了我的测序数据的质控结果和比对情况分析报告,需要补齐全款后才能拿到原始测序数据!(中间还出了个小意外,打款的时候不小心多打了30块钱!(⊙o⊙)-不过多打的30块钱想拿回 ...

上一次直播中,我们对拿到手的测序数据进行了质控,测序数据的质量已经得到了保证.那么接下来就可以把它拿来与参考基因组比对了,这里我们先用参考基因组hg19,大家可以参照[直播]我的基因组(五):测试数据 ...

公司给了raw data, clean data,还有alignment的bam文件.在这之前我的博客提到,虽然公司给了比对好的bam文件,但我还是想要自己再比对一下,这就需要把fastq文件上传到服 ...

普通小麦是一个由三个密切相关的亚基因(AABBDD)组成的异源六倍体.它被认为起源于两次多倍化事件:第一次是野生四倍体小麦(AA)与未发现的节节麦谱系(BB)杂交形成的四倍体,距今约50万年;第二次是 ...

在前面我们用 ChIP-seq 的分析方法可视化了一下我的 WGS数据,结果我们的测序深度分布居然是跟基因组的genomic feature相关. 比如在TSS附近,就很明显看到了一个测序深度峰值(具 ...

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