【直播】我的基因组（七）:从整体理解全基因组测序数据的变异位点 / 开普饭

NGS数据分析实践:06. 数据预处理 - 序列比对+PCR重复标记+Indel区域重比对+碱基质量重校正目录 1. 序列比对 1.1 参考基因组建索引 1.2 序列比对 2. 排序 3. PCR重 ...

写在前面最近主要忙一些植物群体基因组数据的项目.前面提过,赶时间,全基因组的 SNP Calling 使用 GATK 流程,还是需要跑上两三天.但这个还是耗时,并不一定能够赶上工期.于是我将目标转移 ...

本文介绍临床Gene Panel检测的「实验流程」及「生物信息学分析流程」(下图为MSK-IMPACT 468基因panel的检测流程,各产品流程也大同小异,本文参考此流程). 个人能力有限,欢迎指出 ...

本文目录 UMI简介实验流程生物信息学分析流程(带UMI标签) Trimmomatic或cutadapt过滤 FastQc数据质控 picard进行uBAM转换 fgbio提取UMI信息 samtoo ...

在这之前我们已经对VCF格式记录的变异文件有了初步了解,那么接下来我们就实战一下,凭自己的理解来对VCF文件中的内容做一个简单的统计. 我们提到过VCF文件的第八列是比较复杂的,但是它具体信息在VCF ...

根据前面的讲解我们也对NGS数据分析基本的数据格式和数据流有了一个基本的理解了,不管是fasta.fastq.sam.bam.vcf.gtf 以及 biom 等格式都是具有相对标准的数据组织形式的,含 ...

学伤寒,用伤寒,伤寒论是经典中的经典,每个中医人必学之书,只是很多中医人不得其门而入,最主要的问题在于,没有找到一个好的切入点,没有一块好的"砸门砖"-- 现在,准备给你" ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,"宏基因组"+"Binn ...

八字日主整体理解天干形于外,地支承于内.天干讲的是外显的特质,地支论的是内在的动机和想法. 寅申巳亥多,人喜欢跑来跑去.辰戌丑未是四墓之地,五行都是土,地支土多的人看起来就会稳稳重重的.当八字火土多 ...

海外国医 5天前来源:中医技术殿堂学伤寒,用伤寒,伤寒论是经典中的经典,每个中医人必学之书,只是很多中医人不得其门而入,最主要的问题在于,没有找到一个好的切入点,没有一块好的"砸门砖 ...

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七年级理解性默写内容 <孙权劝学> 孙权劝学的原因和目的:卿今当涂掌事,不可不学! 孤岂欲卿治经为博士邪?但当涉猎,见往事耳.电饭锅吕蒙推脱的理由:蒙辞以军中多务. 孙权语重心长,现身 ...

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