【直播】我的基因组（八）:原始测序数据质量报告 / 开普饭

二代测序基础知识二代测序基础概念 (这个是与二代测序相关每个部门都要掌握的) FQ数据格式高通量测序(如Illumina HiSeqTM/MiseqTM)得到的原始图像数据文件经CASAVA碱基识 ...

NGS数据分析实践:05. 测序数据的基本质控 [1] - FastQC 目录前言 1. FastQC 1.1 帮助信息及运行代码 1.2 报告解读 1.3 小结文接上篇:NGS数据分析实践:04 ...

LongQC: A Quality Control Tool for Third Generation Sequencing Long Read Data 由于PacBio RS II .PacBio ...

公司给了raw data, clean data,还有alignment的bam文件.在这之前我的博客提到,虽然公司给了比对好的bam文件,但我还是想要自己再比对一下,这就需要把fastq文件上传到服 ...

长期更新列表: 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的必须神器 IGV 资料大全,含视频生信技巧第5课-生信人必须安装的软件不知不觉就第 ...

最近有两年前的学生过来寻求合作,让我想想给我tcga数据库过万病人的原始测序数据我可以做什么方法学的创新.我想把这个问题抛给粉丝 tcga数据库的原始测序数据假设给你tcga数据库过万病人的原始测序 ...

冷知识:其实一个10X单细胞转录组样品可以有多达84个fastq文件哦! 我们在单细胞天地多次分享过cellranger流程的笔记,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一)数据下载单细胞实战( ...

写在前面前述,我说过了,要通过 TBtools 的插件开发,让任何人都可以在自己的笔记本上完成基本的高通量测序数据分析(公开可获取的).大体步骤如下: SRA 数据下载 - 已完成 SRAtoFas ...

首先记住一个很重要的知识点,变异是相对的! 简单说一下什么是找变异,变异跟突变有什么区别呢?举个栗子:有国际组织规定了人类的参考基因组(如UCSC,ENSEMBL,NCBI等,前面帖子都有讲),就是 ...

质控之前我们在直播八的时候分析过,公司也给了我质控后的的数据,但是毕竟是别人做的,我们做为一个数据分析师,自己动手来验证一下公司给出的报告也是再好不过的了.大家可以跟着我先将下载数据进行一下质控. 因 ...

上一次直播中,我们对拿到手的测序数据进行了质控,测序数据的质量已经得到了保证.那么接下来就可以把它拿来与参考基因组比对了,这里我们先用参考基因组hg19,大家可以参照[直播]我的基因组(五):测试数据 ...

之前我们说了比对上的数据,那么会有人想到有没有没有比对上的数据呢? 既然是从我的血液里面提取到的DNA进行测序的,那么理论上测序仪出来的所有测序reads都应该是我的,也应该都可以比对到人类的参考基因 ...

【直播】我的基因组（八）:原始测序数据质量报告