明码标价之10X转录组原始测序数据的cellranger流程 / 开普饭

简介目前10X单细胞测序算是测序行业最热门的方向之一,它可以在低测序深度的情况下一次性的获得成千上万的细胞及其每个细胞内的基因表达情况,对了解细胞异质性和新的细胞类型非常有利.官网介绍的功能和优势如下 ...

Cell Ranger是一个10X genomics公司的单细胞分析软件,将原始的fastq文件生成后续分析的feature-barcode表达矩阵.其中包括很多模块,本次主要介绍cellranger ...

最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想重新分析一下某肿瘤队列文献的数据,需要下载几个T的fq数据走比对流程,然后找SNV和CNV等变异. 因为他的课题是保密的,我这里不方便提 ...

单细胞转录市场活动 for NGS, we only do RNA-seq forever! 活动背景前两年在生信技能树平台的帮助下,我们开展了多期生物信息学培训班.合作了很多RNAseq相关的NG ...

最近读到发表在nature medicine杂志的文章<Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial t ...

由于我是分期付款,所以我先拿到了我的测序数据的质控结果和比对情况分析报告,需要补齐全款后才能拿到原始测序数据!(中间还出了个小意外,打款的时候不小心多打了30块钱!(⊙o⊙)-不过多打的30块钱想拿回 ...

公司给了raw data, clean data,还有alignment的bam文件.在这之前我的博客提到,虽然公司给了比对好的bam文件,但我还是想要自己再比对一下,这就需要把fastq文件上传到服 ...

长期更新列表: 视频讲解-R爬取生信软件列表到思维导图生信技巧第3课-请你务必学好R语言 broad官网出品的必须神器 IGV 资料大全,含视频生信技巧第5课-生信人必须安装的软件不知不觉就第 ...

最近有两年前的学生过来寻求合作,让我想想给我tcga数据库过万病人的原始测序数据我可以做什么方法学的创新.我想把这个问题抛给粉丝 tcga数据库的原始测序数据假设给你tcga数据库过万病人的原始测序 ...

最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想重新分析一下他自己领域的一个文章的转录组测序数据.因为那个文章并没有提供表达量矩阵,不过万幸的是人家上传了原始测序数据. 因为他的课题是 ...

一般来说,公共数据集都会给出表达量矩阵和具体不同细胞亚群特异性基因,比如 GSE122083 数据集背后的文献,就给出来了这些分群: NK (NKG7 and GNLY), NKT (CD3D and ...

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