明码标价之单细胞转录组的质控降维聚类分群和生物学注释 / 开普饭

原文链接:http://tecdat.cn/?p=5658 使用R检测相关主题的社区创建主题网络我通过分析抽象文本和共同作者社交网络来研究社会科学.计算机和信息学方面的出版物. 我遇到的一个问题是 ...

写在前面 outputgephi函数:可以使用相关矩阵和微生物群落的phyloseq对象直接生成Gephi软件需要两个文件,直接保存即可. nodeEdge函数:可以生成边文件和节点文件,用于制作gg ...

与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

编译:贤,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读肾脏是具有许多不同功能且高度复杂的器官,肾小球和肾小管是肾单位的重要组成部分:这些结构的功能复杂性可能与其不同的细胞类型有关.目前已有研 ...

编译:罗睺,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读单细胞RNA测序(scRNA-seq)是研究脑和中枢神经系统(CNS)中单个细胞转录组的一种有前途的方法.这项技术充当了神经科学,计算 ...

发布地址:https://ggraph.data-imaginist.com/index.html 在8月22日,ggraph默默发布V1.0.0. 关系数据的图形语法 ggraph是ggplot2的 ...

我们非常强调进入一个领域需要读综述来获取基本认知,尤其是单细胞,我们在<单细胞天地>公众号给大家精选了2017-2020的4篇综述: 2017年7月的 Identifying cell p ...

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 系列教程目录如下: 01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03 ...

昨天在<生信技能树>公众号的一个教程:这也能画?,我提到了一个很无聊的R包,名字是:scRNAstat ,它可以4行代码进行单细胞转录组的降维聚类分群,其实完全没有技术含量, 就是把 Se ...

常规的读入10x的3个文件,需要自己根据下面的网址去下载 pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz 文件,并且解压哦,然后 Read10X 函数读入解压后的文件 ...

最近有粉丝在我们<生信技能树>公众号后台付费求助,想重新分析一下他自己领域的一个文章的转录组测序数据.因为那个文章并没有提供表达量矩阵,不过万幸的是人家上传了原始测序数据. 因为他的课题是 ...

冷知识:其实一个10X单细胞转录组样品可以有多达84个fastq文件哦! 我们在单细胞天地多次分享过cellranger流程的笔记,大家可以自行前往学习,如下: 单细胞实战(一)数据下载单细胞实战( ...

作为生物信息学教学队伍的财务一名,我旁观了大量代码实战技巧,也勉强是学会了一下R语言,恰好看到朋友圈单细胞比较火爆,而且群主的CNS图表复现超级容易理解,我也跟着学习了一下,目录如下: CNS图表复现 ...

回顾我们的CNS图表复现之旅已经开始,前面3讲是: CNS图表复现01-读入csv文件的表达矩阵构建Seurat对象 CNS图表复现02-Seurat标准流程之聚类分群 CNS图表复现03-单细胞区 ...

前面我们的明码标价之普通转录组上游分析,受到了各大热心粉丝的吐槽,觉得太简单了我们居然还好意思收费. 额,其实呢,这些粉丝应该是"饱汉不知饿汉饥",其实数据分析这个技能啊,难者不会 ...

明码标价之单细胞转录组的质控降维聚类分群和生物学注释