四行代码完成单细胞转录组的降维聚类分群 / 开普饭

与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

一般来说,公共数据集都会给出表达量矩阵和具体不同细胞亚群特异性基因,比如 GSE122083 数据集背后的文献,就给出来了这些分群: NK (NKG7 and GNLY), NKT (CD3D and ...

我们非常强调进入一个领域需要读综述来获取基本认知,尤其是单细胞,我们在<单细胞天地>公众号给大家精选了2017-2020的4篇综述: 2017年7月的 Identifying cell p ...

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 系列教程目录如下: 01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03 ...

常规的读入10x的3个文件,需要自己根据下面的网址去下载 pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz 文件,并且解压哦,然后 Read10X 函数读入解压后的文件 ...

前面我们提到过broad开发了工具来对单细胞转录组数据计算CNV及绘制热图,因为这个方法学本来就是他们建立起来的. 单细胞转录组数据分析CNV 使用broad出品的inferCNV来对单细胞转录组数据 ...

作为生物信息学教学队伍的财务一名,我旁观了大量代码实战技巧,也勉强是学会了一下R语言,恰好看到朋友圈单细胞比较火爆,而且群主的CNS图表复现超级容易理解,我也跟着学习了一下,目录如下: CNS图表复现 ...

回顾我们的CNS图表复现之旅已经开始,前面3讲是: CNS图表复现01-读入csv文件的表达矩阵构建Seurat对象 CNS图表复现02-Seurat标准流程之聚类分群 CNS图表复现03-单细胞区 ...

前面我们公布了<cytof数据资源介绍(文末有交流群)>,现在就开始正式手把手教学. 上一讲我们构造好了SingleCellExperiment对象,后续全部的分析都会以这个SingleC ...

降维聚类分群是一个非常普遍的信息提炼方式,在TCGA多组学领域都有应用,众所周知,TCGA数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库,包括: DNA Sequencing miRNA Seque ...

四行代码完成单细胞转录组的降维聚类分群