单细胞转录组的质控降维聚类分群和注释哪个步骤最关键 / 开普饭

本文首发自博雅干细胞作者:上海大学 Dr.ZHU 专家审核:江苏大学附属医院李晶教授春暖花开,又到了一年最适合运动的时节.最近,一条年轻人已经成为半月板损伤主要人群的新闻冲上热搜,半月板损伤不 ...

本文首发自博雅干细胞作者:上海大学 Dr.ZHU 专家审核:江苏大学附属医院李晶教授近日,发表在Stem Cell Reports杂志上的最新研究显示[1],基于干细胞的癌症疫苗可以有效预防胰 ...

撰文:重庆医科大学自渡专家审核:江苏大学附属医院李晶教授近日,2020年度国家科学技术奖励大会在北京举行,其中<缺血性心脏病细胞治疗关键技术创新及临床转化>获得了国家科技进步二等 ...

[J CLIN INVEST--IF:13.215]在当地时间4月1日刊发的一期刊物中刊载胞外囊泡文献综述集,其中共有11篇综述文章,涵盖肿瘤.免疫.神经系统.中风及胞外囊泡分离纯化方法讨论等诸多方面 ...

作者:福建医科大学 YANG 专家审核:江苏大学附属医院李晶教授心力衰竭是一个日益严重的问题,尽管由于目前有先进的医疗保健,越来越多的人在心脏病发作中幸存下来,但心脏组织的破坏却是不可逆的,严重 ...

几天前和几个在做数据挖掘的好朋友聊天,讨论到接下来数据挖掘的热点可能会怎样变化?我们觉得可能会朝着单细胞测序和非肿瘤倾斜一部分.因为目前常规的TCGA的各种套路已经有些过于套路的感觉了:肿瘤的简单数据 ...

Abstract Comparing diverse single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) datasets generated by different te ...

一般来说,公共数据集都会给出表达量矩阵和具体不同细胞亚群特异性基因,比如 GSE122083 数据集背后的文献,就给出来了这些分群: NK (NKG7 and GNLY), NKT (CD3D and ...

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 系列教程目录如下: 01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03 ...

昨天在<生信技能树>公众号的一个教程:这也能画?,我提到了一个很无聊的R包,名字是:scRNAstat ,它可以4行代码进行单细胞转录组的降维聚类分群,其实完全没有技术含量, 就是把 Se ...

常规的读入10x的3个文件,需要自己根据下面的网址去下载 pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz 文件,并且解压哦,然后 Read10X 函数读入解压后的文件 ...

作为生物信息学教学队伍的财务一名,我旁观了大量代码实战技巧,也勉强是学会了一下R语言,恰好看到朋友圈单细胞比较火爆,而且群主的CNS图表复现超级容易理解,我也跟着学习了一下,目录如下: CNS图表复现 ...

回顾我们的CNS图表复现之旅已经开始,前面3讲是: CNS图表复现01-读入csv文件的表达矩阵构建Seurat对象 CNS图表复现02-Seurat标准流程之聚类分群 CNS图表复现03-单细胞区 ...

前面我们公布了<cytof数据资源介绍(文末有交流群)>,现在就开始正式手把手教学. 上一讲我们构造好了SingleCellExperiment对象,后续全部的分析都会以这个SingleC ...

降维聚类分群是一个非常普遍的信息提炼方式,在TCGA多组学领域都有应用,众所周知,TCGA数据库是目前最综合最全面的癌症病人相关组学数据库,包括: DNA Sequencing miRNA Seque ...

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,而且拿到的亚群,也可以解释其生物学意义,见:单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释其实理论上细胞亚群是可以无限划分的,因为世界上没有两个一模一样的细胞 ...

单细胞转录组的质控降维聚类分群和注释哪个步骤最关键