A multicenter study benchmarking single-cell RNA sequencing technologies using reference samples / 开普饭

Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cell ...

高通量单细胞测序的本质是细胞与barcode的独立配对,但往往很难达到在满足通量要求下的完美效率.促使笔者写这篇文章的原因,是最近发表在Nature method上的一篇文章Ultra-high-th ...

还记得几年前前准备单细胞课程作业,查遍全网基本上找不到中文资料,甚至英文文献都少得可怜,虽然那个时候单细胞就已经显现出热点的趋势,大多数CNS之作,但是在癌症领域仅仅是6个癌症类型有单细胞转录组技术应 ...

眨眼睛我们单细胞天地又持续输出了一年,但是我们团队毕竟不是科研服务公司,没有人付费养着我们做研发.所以现有团队实在是时间和精力实在是有限,尤其是单细胞领域高速飞奔,CNS文章发表的速度远超我们能提供的 ...

简单介绍下 <ANALYSIS OF SINGLE CELL RNA-SEQ DATA> Orr Ashenberg Dana Silverbush Kirk Gosik 02/25/20 ...

几天前和几个在做数据挖掘的好朋友聊天,讨论到接下来数据挖掘的热点可能会怎样变化?我们觉得可能会朝着单细胞测序和非肿瘤倾斜一部分.因为目前常规的TCGA的各种套路已经有些过于套路的感觉了:肿瘤的简单数据 ...

我们组建了一大波生物信息学各项技能学习交流群,目录是: 免费视频课程<RNA-seq数据分析> 免费视频课程<WES数据分析> 免费视频课程<ChIP-seq数据分析&g ...

CSC – IT科学中心是芬兰国家和高等教育机构拥有的芬兰信息技术专业中心.为高等教育机构,研究机构,文化,公共管理和企业提供国际优质的ICT专家服务,以帮助客户蓬勃发展并造福整个社会. 每年,他们都 ...

单细胞 RNA-seq (scRNA-seq)作为描述人类细胞转录组的有力工具已经受到重视,但该技术在植物细胞中的应用还不广泛.在此,我们描述了在花生叶原生质体细胞分离系统的成功发展.根据已报道的标记 ...

single cell, single cell, single all the day...又到了一周一更的生信工作咨询速递环节了,距离上次更新已经过了12天了, 要是今天再不更新的话,我估计会被B ...

之前也读过一些总结单细胞方法的文章,但是大多都将单细胞转录组的原理和方法混为一团,比如把CEL-seq,同SMART-seq并列讲原理,这无可厚非,但是又把Drop-seq和Split-seq等也一同 ...

首先我们先来回顾一下上一期讲到的Single cell RNA-seq 的原理,首先是2006年末端加A形成第一链cDNA的方法奠定了后来的单细胞转录组测序的问世,2009年,二代测序的发展结合末端加 ...

这个课程中你将会学到以下内容: ·进行质量控制并过滤出低质量的细胞·标准化基因表达值·消除不必要的变异来源·选择可变基因·执行降维(PCA,tSNE,UMAP,CCA)·簇细胞·查找簇的标记基因·整合 ...

NBIS介绍 NBIS is a distributed national bioinformatics infrastructure, supporting life sciences in Swe ...

最近在画UMAP的时候发现有的时候细胞亚群的注释与点重合颜色上不是很搭配,同事提出让注释"支棱"起来,首先想到的是ggforce中的geom_mark_ellipse,实践中遇到一 ...

协同进化(Coevolution)一词,是在 1964 年由 Ehrhich 和 Raven 首次提出,用以阐述昆虫与植物进化历程中的相互关系.在植物进化出一系列的抗虫防御反应的同时,昆虫也在不停地进 ...

A multicenter study benchmarking single-cell RNA sequencing technologies using reference samples