Single cell RNA-seq data analysis with R
相关推荐
-
双剑合璧|scRNA-seq与bulk RNA-seq联合分析
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cell ...
-
生信实操丨带你复现单细胞转录组纯分析文章(一)
生信实操 随着测序技术的进步开发了一种单细胞转录组测序(scRNA-seq)技术,单细胞转录组测序技术可以一次检测成千上万个细胞的转录水平,在单细胞水平上检测和定量基因表达水平变化,从而揭示bulk ...
-
A multicenter study benchmarking single-cell RNA sequencing technologies using reference samples
Abstract Comparing diverse single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) datasets generated by different te ...
-
PBJ|广东省农业科学院茶叶所洪彦彬实验室利用单细胞RNA-seq描述了异源四倍体花生叶片中转录组的分布并鉴定了关键的转录因子
单细胞 RNA-seq (scRNA-seq)作为描述人类细胞转录组的有力工具已经受到重视,但该技术在植物细胞中的应用还不广泛.在此,我们描述了在花生叶原生质体细胞分离系统的成功发展.根据已报道的标记 ...
-
Single cell RNA-seq data analysis with Chipster course
这个课程中你将会学到以下内容: ·进行质量控制并过滤出低质量的细胞·标准化基因表达值·消除不必要的变异来源·选择可变基因·执行降维(PCA,tSNE,UMAP,CCA)·簇细胞·查找簇的标记基因·整合 ...
-
ANALYSIS OF SINGLE CELL RNA-SEQ DATA
简单介绍下 <ANALYSIS OF SINGLE CELL RNA-SEQ DATA> Orr Ashenberg Dana Silverbush Kirk Gosik 02/25/20 ...
-
Single cell RNA-seq analysis workshop
NBIS介绍 NBIS is a distributed national bioinformatics infrastructure, supporting life sciences in Swe ...
-
Data Science with R in 4 Weeks
Data Science with R in 4 Weeks - Week 3 - Day2地推脑2016.01.18 20:18:16字数 376阅读 161Regression Analysis回 ...
-
生信工作咨询速递-怎么又是single cell?
single cell, single cell, single all the day...又到了一周一更的生信工作咨询速递环节了,距离上次更新已经过了12天了, 要是今天再不更新的话,我估计会被B ...
-
Single cell RNA-seq 原理的前世今生
之前也读过一些总结单细胞方法的文章,但是大多都将单细胞转录组的原理和方法混为一团,比如把CEL-seq,同SMART-seq并列讲原理,这无可厚非,但是又把Drop-seq和Split-seq等也一同 ...
-
Single cell RNA-seq 方法篇-上
首先我们先来回顾一下上一期讲到的Single cell RNA-seq 的原理,首先是2006年末端加A形成第一链cDNA的方法奠定了后来的单细胞转录组测序的问世,2009年,二代测序的发展结合末端加 ...
-
RNA seq汇总篇,一文掌握RNA seq
RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具.RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA ...
-
让Single cell UMAP注释支棱起来
最近在画UMAP的时候发现有的时候细胞亚群的注释与点重合颜色上不是很搭配,同事提出让注释"支棱"起来,首先想到的是ggforce中的geom_mark_ellipse,实践中遇到一 ...