自己写代码计算单细胞转录组数据的CNV及绘制热图 / 开普饭

pheatmap是一个非常受欢迎的绘制热图的R包.ComplexHeatmap包即是受之启发而来.你可以发现Heatmap()函数中很多参数都与pheatmap()相同.在pheatmap的时代(请允 ...

软件项目地址: https://github.com/broadinstitute/inferCNV.git 我在 https://mp.weixin.qq.com/s/Qns9TCSgNg_CQuw ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

背景介绍聚类之前必须要对表达矩阵进行normalization,而且要去除一些批次效应等外部因素.通过对表达矩阵的聚类,可以把细胞群体分成不同的状态,解释为什么会有不同的群体.不过从计算的角度来说, ...

使用CPM去除文库大小影响之所以需要normalization,就是因为测序的各个细胞样品的总量不一样,所以测序数据量不一样,就是文库大小不同,这个因素是肯定需要去除.最简单的就是counts pe ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

挑选到的跟feature相关的基因集,有点类似于在某些组间差异表达的基因集,都需要后续功能注释. 背景介绍单细胞转录组测序的确可以一次性对所有细胞都检测到上千个基因的表达,但是,大多数情况下,只有其 ...

栏目起源逆向收费读文献社群(2018-01-07) 逆向收费读文献社群 (2018-06-09) 逆向收费读文献社群(第二年通知)(2019-01-26) 大概有50人加入吧,成功坚持下来的朋友们累 ...

都介绍到单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较部分了,10讲就告一段落了,大家可以回看仔细品读.后面的分析其实都是个性化的了,取决于课题设计,假说,生物学背景知识,而且需要学习大量的R包. 既然是个性 ...

自己写代码计算单细胞转录组数据的CNV及绘制热图