比较不同的对单细胞转录组数据寻找差异基因的方法 / 开普饭

(↑点击上面绿标在线试听今天的音频) 今天为大家挑选的实用英语口语句子是: Every second counts. 美 [ ˈevri / ˈsekənd / kaʊnts ] 分秒必争. 你的口语 ...

今天为大家挑选的实用英语口语句子是: It's the thought that counts. 美 [ ɪts / ðə / θɔt / ðæt / kaunts ] 礼轻情意重.

every minute counts 分秒必争,一刻千金 How long has he been unconscious? Every minute counts here. 他不省人事有多久了 ...

挑选到的跟feature相关的基因集,有点类似于在某些组间差异表达的基因集,都需要后续功能注释. 背景介绍单细胞转录组测序的确可以一次性对所有细胞都检测到上千个基因的表达,但是,大多数情况下,只有其 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

背景介绍聚类之前必须要对表达矩阵进行normalization,而且要去除一些批次效应等外部因素.通过对表达矩阵的聚类,可以把细胞群体分成不同的状态,解释为什么会有不同的群体.不过从计算的角度来说, ...

使用CPM去除文库大小影响之所以需要normalization,就是因为测序的各个细胞样品的总量不一样,所以测序数据量不一样,就是文库大小不同,这个因素是肯定需要去除.最简单的就是counts pe ...

栏目起源逆向收费读文献社群(2018-01-07) 逆向收费读文献社群 (2018-06-09) 逆向收费读文献社群(第二年通知)(2019-01-26) 大概有50人加入吧,成功坚持下来的朋友们累 ...

都介绍到单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较部分了,10讲就告一段落了,大家可以回看仔细品读.后面的分析其实都是个性化的了,取决于课题设计,假说,生物学背景知识,而且需要学习大量的R包. 既然是个性 ...

最近各个公众号都在鼓吹单细胞转录组数据套路,感觉这样的科研风气不好,数据挖掘这个技能最大的作用应该是避免大家重复浪费科研经费去做一些明明可以通过分析公共数据库拿到的结论! 比如你研究的癌症里面哪些基因 ...

总是有粉丝在我们的各个公众号教程下面留言关于单细胞数据处理的细节问题,比如为什么我们过滤线粒体基因表达量超15%的细胞啊,为什么看核糖体基因表达量占比啊等等. 其实看一下基础10讲: 01. 上游分析 ...

比较不同的对单细胞转录组数据寻找差异基因的方法