单细胞转录组数据的个性化分析汇总 / 开普饭

对于对于测序而言,单细胞测序算是很火的一个测序技术了.简单来说单细胞测序技术的,就是对每一个细胞来进行测序.相较于之前的RNA-seq而言,我们其实是对某一块组织所有的RNA进行检测,由于一块组织里面 ...

悄悄告诉大家,2019年J Cell Biochem的影响因子预计会超过4分! Identification of microenvironment‐related genes with progno ...

# 背景介绍细胞是生物体的基本结构和功能单位,多细胞的生物进化出了具有不同功能的细胞类型,他们之间相互协作完成更复杂的生物功能.之前对于细胞类型的判断多是基于细胞的形态和表征,近来随着分子生物方法的 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

10x Genomics方法巧妙使用了Barcoding(条形码)和Microfluidics(微流体)技术,在单细胞分离.扩增原理上具有明显的优势,能帮助研究人员实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因 ...

我的课题只有一个10x样本肿么办? 两个样品的10x单细胞转录组数据分析策略三个10X单细胞转录组样本CCA整合多个单细胞转录组样本的数据整合之CCA-Seurat包在教程:使用seurat3的 ...

背景介绍聚类之前必须要对表达矩阵进行normalization,而且要去除一些批次效应等外部因素.通过对表达矩阵的聚类,可以把细胞群体分成不同的状态,解释为什么会有不同的群体.不过从计算的角度来说, ...

使用CPM去除文库大小影响之所以需要normalization,就是因为测序的各个细胞样品的总量不一样,所以测序数据量不一样,就是文库大小不同,这个因素是肯定需要去除.最简单的就是counts pe ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

挑选到的跟feature相关的基因集,有点类似于在某些组间差异表达的基因集,都需要后续功能注释. 背景介绍单细胞转录组测序的确可以一次性对所有细胞都检测到上千个基因的表达,但是,大多数情况下,只有其 ...

栏目起源逆向收费读文献社群(2018-01-07) 逆向收费读文献社群 (2018-06-09) 逆向收费读文献社群(第二年通知)(2019-01-26) 大概有50人加入吧,成功坚持下来的朋友们累 ...

单细胞转录组数据的个性化分析汇总