10X单细胞转录组数据都分析那么多了，实验过程要不要了解一下 / 开普饭

编译:小北,编辑:夏甘草.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读在哺乳动物胚胎形成过程中,差异基因逐步构建起每个组织和器官系统的命运和复杂性.在本文中研究者系统的定量了10.5天胚胎的发育到出生小 ...

编译:Echo,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读狼疮性肾炎所致的组织损伤一直是公认的世界性难题,但随着单细胞RNA-seq技术的不断发展与革新,使得临床肾脏活检中细胞群的详细特征 ...

# 背景介绍单细胞相关的研究数据常常以原始数据的形式存储,由于需要使用复杂的计算流程进行数据处理,生物研究人员很难访问这种格式的数据.虽然目前已经有一些数据库收集.管理和整合scRNA-seq数据和 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读空间分辨转录组学的最新进展极大地扩展了复杂的多细胞生物系统的知识.近年来,该领域迅速扩展,并且已经开发了几种旨在将基因表达数据与空间信 ...

浩瀚星空吸引着人们进行探索.在转录组学中,空间分辨率也开辟了新的世界. 导读空间转录组学是单细胞分析后的下一波热潮,这是一个非常活跃的领域,新的技术开辟了新的科研角度.该技术不仅可以获取转录组数据并 ...

编译:卡德加,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读植物功能是单个细胞在不同组织中协同作用的结果.RNA-seq测序技术和组织处理技术的进步使研究者能够捕获单细胞分辨率下的转录变化.单 ...

随着单细胞测序技术的不断更新和发展,其在解析细胞异质性.揭示微环境中细胞群体间的关系.追踪疾病发生发展等研究中越来越发挥重要的作用,尤其在肿瘤方面的应用越来越多,依托该技术发表了大量高水平的文章.今天 ...

单细胞组学改变了我们对于细胞异质性的研究与其动态重构的理解.多种降维.分群方法的开发可以让我们迅速的分辨出不同的细胞类群.随着研究转向对复杂的人体组织甚至整个生物体的分析,通过大规模的高并行集群运算可 ...

来源:<中国科学报>2021-08-13 09:26 X 记者韩扬眉寨卡病毒主要由蚊子叮咬传播,人感染寨卡病毒后可能出现发热.皮疹.关节痛等类似登革热的症状.孕妇感染寨卡病毒可能损害胎 ...

总是有粉丝在我们的各个公众号教程下面留言关于单细胞数据处理的细节问题,比如为什么我们过滤线粒体基因表达量超15%的细胞啊,为什么看核糖体基因表达量占比啊等等. 其实看一下基础10讲: 01. 上游分析 ...

10x Genomics方法巧妙使用了Barcoding(条形码)和Microfluidics(微流体)技术,在单细胞分离.扩增原理上具有明显的优势,能帮助研究人员实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

都介绍到单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较部分了,10讲就告一段落了,大家可以回看仔细品读.后面的分析其实都是个性化的了,取决于课题设计,假说,生物学背景知识,而且需要学习大量的R包. 既然是个性 ...

最近各个公众号都在鼓吹单细胞转录组数据套路,感觉这样的科研风气不好,数据挖掘这个技能最大的作用应该是避免大家重复浪费科研经费去做一些明明可以通过分析公共数据库拿到的结论! 比如你研究的癌症里面哪些基因 ...

最近读到发表在nature medicine杂志的文章<Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial t ...

未知的东西总是让人害怕,即使是花时间看他人做过一遍也好过踟蹰不前,请看好: 首先需要10x仪器出来的fastq数据这个可以看前面的教程:10X genomics单细胞数据集探索列出了非常多的官网教 ...

我在单细胞天地教程:表达矩阵逆转为10X的标准输出3个文件,详细介绍过 10X文件的3个标准文件: 比如SRR7722939数据集里面,文件barcodes.tsv 和 genes.tsv,就是表达矩 ...

10X单细胞转录组数据都分析那么多了，实验过程要不要了解一下