PanglaoDB数据库：细胞分群注释marker数据库 / 开普饭

文章信息文献标题:Entropy subspace separation-based clustering for noise reduction (ENCORE) of scRNA-seq dat ...

太多小伙伴在各种交流群问到他自己的单细胞转录组数据在降维聚类分群的时候,发现很多生物学亚群会出现一定程度的交叉,导致结果并不是那么理想.可能是因为大家入门的时候都是跟着seurat的标准流程:http ...

前面我们演示了:泛癌分析时候的大样本量多分组建议选择tSNE而不是PCA,整合全部的33种癌症的仅仅是蛋白质编码基因的表达量矩阵,进行降维聚类分群可以看到并不是严格的各个癌症泾渭分明. 其中很明显乳腺 ...

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析,而且了解了自己的项目的样本数量和测序量,还过滤了不合格的细胞和基因, 系列教程目录如下: 01. 上游分析流程 02.课题多少个样品,测序数据量如何 03 ...

转自医科研我就是用这个神器来挖单细胞测序数据的!作者:白介素2关于单细胞测序这个热点我们已经有很多文章介绍过了,这里就不再赘述了.目前,单细胞测序相对来讲还是属于比较昂贵的技术,没钱做不起怎么办?此 ...

铁死亡是一种依赖铁的调节细胞死亡的新模式.细胞因内部脂质活性氧物质的有毒积累而死亡.它与多种人类疾病(例如癌症和退化性疾病)紧密相关.铁死亡过程很复杂,由多种代谢物和生物分子组成.尽管目前对铁死亡的研 ...

不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,很幸运聚集了五个小伙伴携手共进,我们承诺不间断更新5个月,把我们这两年的学习成果全部掏出来给大家,包括5个栏目: 文献速递(简短介绍,扩充知识面) 文献 ...

不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了,很幸运聚集了五个小伙伴携手共进,我们承诺不间断更新5个月,把我们这两年的学习成果全部掏出来给大家,包括5个栏目: 文献速递(简短介绍,扩充知识面) 文献 ...

众所周知,在肿瘤单细胞数据里面,对恶性细胞来说,病人的分类作用是远大于细胞类型的,不过其实肿瘤恶性细胞也说不出什么确切的细胞类型,目前仅仅是根据TCGA的bulk转录组数据进行分子分型.但是对免疫细胞 ...

上周的<单细胞图表复现100篇>栏目,我们分享了2个NSCLC的文献,这周六我们应该是要分享4个ccRCC的文献,PPT已经制作完毕!感兴趣的可以推荐下面的会议,准时参加!(会议密码是:1 ...

因为10X仪器的商业化成功,目前大家的单细胞转录组课题基本上都是10X数据,所以我在单细胞天地分享了一系列相关教程,希望可以接地气的帮助大家,如下: 我的课题只有一个10x样本肿么办? 两个样品的10 ...

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

单细胞图谱时代早就过去了,不再是随便选取一个物种,一种组织或者一种疾病,挑选几个样品做单细胞,简单的说明清楚其单细胞亚群组成比例和生物学意义就足够的时机了.但是图谱既然是被做烂了的思路,就应该是有系统 ...

对于对于测序而言,单细胞测序算是很火的一个测序技术了.简单来说单细胞测序技术的,就是对每一个细胞来进行测序.相较于之前的RNA-seq而言,我们其实是对某一块组织所有的RNA进行检测,由于一块组织里面 ...

在单细胞水平探究肝癌免疫微环境研究最早而且出名的就是北大张泽明教授团队发表在Cell. 2017 Jun 的文章:Landscape of Infiltrating T Cells in Liver ...

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群,基本上跑的都是标准代码,里面很多细节参数是需要自己慢慢摸索的.保证单细胞转录组表达矩阵质量ok啦,而且需要去除了各种混杂因素. 因为参数需要自己摸索 ...

在单细胞大行其道的近两年,我也安排了学徒们做了几百个有表达量矩阵可以下载的单细胞转录组文献图表复现,挑选其中100个成功的案例,提供代码给大家,希望对大家有帮助! 100个单细胞转录组图表复现今天要 ...

考虑到咱们生信技能树粉丝对单细胞数据挖掘的需求,我开通了一个专栏<100个单细胞转录组数据降维聚类分群图表复现>,也亲自示范了几个,不过自己带娃,读博,时间精力有限,所以把剩余的90多个任 ...

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