10X单细胞转录组数据的动态阈值过滤 / 开普饭

在独立性检验中,临界值(又叫做阈值)的确定是根据实验的实际结果而定.只有当相关系数R的绝对值大于临界值时,才能用直线近似表示两个变量之间的关系.临界值是指物体从一种物理状态转变到另外一种物理状态时,某 ...

集中趋势: 正态分布,算数平均数偏态分布,中位数倍增分布,几何平均数离散趋势: 正态分布,标准差偏态分布,四分位数间距相差悬殊,变异系数抽样误差,标准误

研究员在图书馆档案中搜索计算机数据库 Hi~盆友们! 今天的内容非常干货,大家一定要看呀~~ 做数据分析,就一定会涉及到统计学的知识.我之前还推了一些统计学相关的基础知识.今天,我会分享7个我们很可能 ...

我的课题只有一个10x样本肿么办? 两个样品的10x单细胞转录组数据分析策略三个10X单细胞转录组样本CCA整合多个单细胞转录组样本的数据整合之CCA-Seurat包在教程:使用seurat3的 ...

最近读到发表在nature medicine杂志的文章<Immune profiling of human tumors identifies CD73 as a combinatorial t ...

10x Genomics方法巧妙使用了Barcoding(条形码)和Microfluidics(微流体)技术,在单细胞分离.扩增原理上具有明显的优势,能帮助研究人员实现对细胞群体的划分与细胞群体间基因 ...

未知的东西总是让人害怕,即使是花时间看他人做过一遍也好过踟蹰不前,请看好: 首先需要10x仪器出来的fastq数据这个可以看前面的教程:10X genomics单细胞数据集探索列出了非常多的官网教 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

背景介绍聚类之前必须要对表达矩阵进行normalization,而且要去除一些批次效应等外部因素.通过对表达矩阵的聚类,可以把细胞群体分成不同的状态,解释为什么会有不同的群体.不过从计算的角度来说, ...

使用CPM去除文库大小影响之所以需要normalization,就是因为测序的各个细胞样品的总量不一样,所以测序数据量不一样,就是文库大小不同,这个因素是肯定需要去除.最简单的就是counts pe ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

10X单细胞转录组数据的动态阈值过滤