10个单细胞转录组数据探索免疫治疗机理（逆向收费读文献2019-12） / 开普饭

在过去的十年里,T细胞在肿瘤免疫监测中的重要性是公认的,但是对B细胞的研究却少得多.一些研究表明,B细胞的存在和功能也可以被认为是癌症的一个重要预后因素.与T细胞相比,虽然在肿瘤组织中被发现的浸润B细 ...

研究背景先天淋巴细胞(ILCs)是一种免疫细胞,它通过释放可溶性的因素调节对病毒.细菌和寄生虫的早期免疫反应.这些细胞可以根据细胞表面的转录因子及细胞因子被分为三个亚型,每种亚型都有不同的功能. 方 ...

随着对原位肿瘤系统化治疗的发展进步,近年来,继发性的肿瘤脑转移在临床上更趋多见.脑转移的发生发展是转移的肿瘤细胞("the seed" 种子)与中枢神经系统独特的免疫微环境环境(& ...

学习单细胞转录组肯定先来一遍Seurat官网的标准流程. 数据来源于Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC),共2700个单细胞, Illumina Next ...

与传统的转录组测序相比,单细胞测序技术噪声很大,使得单细胞转录组数据包含大量的dropout事件(导致基因表达量为0或接近0),即使是一些标记(Marker)基因也有可能表达量很低.当在使用其对聚类的 ...

自然杀伤T细胞(NKT cell)是指既表达NK细胞表面标志CD56(小鼠为NK1.1)又表达T细胞表面标志TCRαβ-CD3复合体的淋巴细胞.NKT细胞在胸腺或胚胎分化发育,主要分布于骨髓.肝脏和胸 ...

推荐:江舜尧编译:多儿编辑:马莉法国图卢兹癌症研究中心学者Jean-Jacques Fourniéa等人于2019年5月22日在<PNAS>上发表题目为<Single-cell ...

栏目起源逆向收费读文献社群 (2018-01-07) 逆向收费读文献社群 (2018-06-09) 逆向收费读文献社群(第二年通知)(2019-01-26) 大概有50人加入吧,成功坚持下来的朋友们 ...

栏目起源逆向收费读文献社群 (2018-01-07) 逆向收费读文献社群 (2018-06-09) 逆向收费读文献社群(第二年通知)(2019-01-26) 大概有50人加入吧,成功坚持下来的朋友们 ...

上一次发布文献阅读笔记已经是小半年前了:NPC的突变特性(逆向收费读文献2019-13)这个是我将来会制作的生物信息学入门200篇NGS文献导读书籍的素材,虽然暂时还没有成书,但希望干货满满的解读能对 ...

系列目录 2019-10.预测BRCA基因功能缺陷的HRDetect基因集(逆向收费读文献) 2019-11 BRCA的甲基化信号分型(逆向收费读文献2019-11)赠送一篇文章思路 2019-12 ...

系列目录 2019-10.预测BRCA基因功能缺陷的HRDetect基因集(逆向收费读文献) 2019-11 BRCA的甲基化信号分型(逆向收费读文献2019-11)赠送一篇文章思路 2019-12 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

背景介绍聚类之前必须要对表达矩阵进行normalization,而且要去除一些批次效应等外部因素.通过对表达矩阵的聚类,可以把细胞群体分成不同的状态,解释为什么会有不同的群体.不过从计算的角度来说, ...

使用CPM去除文库大小影响之所以需要normalization,就是因为测序的各个细胞样品的总量不一样,所以测序数据量不一样,就是文库大小不同,这个因素是肯定需要去除.最简单的就是counts pe ...

10个单细胞转录组数据探索免疫治疗机理（逆向收费读文献2019-12）