使用broad出品的inferCNV来对单细胞转录组数据推断CNV信息 / 开普饭

以前一直用经典的MCP法分免疫浸润总感觉不好上篇文章上也写过这次用肠癌单细胞6万多的细胞的特异性基因,特异性基因我是一个一个看的,我选的标准是logfc大于1,而且如果是肿瘤细胞的特异性基因,那 ...

本文作者:xph phyloseq 对象构建为何要使用 phyloseq 简称ps.公众号推出的多篇教程中,均使用ps对象,其可实现多种分析与可视化,无需再为数据形式而烦恼. 本次推送提供两种生成方 ...

我们只要将我们的input.txt文件和perl脚本放到同一个文件下,然后双击相应的脚本就可以得到我们的结果文件. 下面我们就将代码放在这里: 筛选上调差异基因的代码: #!/usr/bin/perl ...

前面我们提到过broad开发了工具来对单细胞转录组数据计算CNV及绘制热图,因为这个方法学本来就是他们建立起来的. 单细胞转录组数据分析CNV 使用broad出品的inferCNV来对单细胞转录组数据 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读单细胞转录组学为推断细胞网络中配体受体(LR)的相互作用提供了前所未有的机会.本文介绍了一种新的LR数据库和一种新的正规化评分来执行这 ...

了解我的应该都知道我最近几个月都在奋战一个陌生的领域,单细胞转录组数据处理.真的很有挑战性,笔记累积了一大堆了,但是没有太值得分享的,大多是利用bulk转录组数据处理的经验而已,但是下面这个是单细胞转 ...

背景介绍聚类之前必须要对表达矩阵进行normalization,而且要去除一些批次效应等外部因素.通过对表达矩阵的聚类,可以把细胞群体分成不同的状态,解释为什么会有不同的群体.不过从计算的角度来说, ...

使用CPM去除文库大小影响之所以需要normalization,就是因为测序的各个细胞样品的总量不一样,所以测序数据量不一样,就是文库大小不同,这个因素是肯定需要去除.最简单的就是counts pe ...

背景介绍如果是bulk RNA-seq,那么现在最流行的就是DESeq2 和 edgeR啦,而且有很多经过了RT-qPCR 验证过的真实测序数据可以来评价不同的差异基因算法的表现. 对单细胞测序数据 ...

挑选到的跟feature相关的基因集,有点类似于在某些组间差异表达的基因集,都需要后续功能注释. 背景介绍单细胞转录组测序的确可以一次性对所有细胞都检测到上千个基因的表达,但是,大多数情况下,只有其 ...

栏目起源逆向收费读文献社群(2018-01-07) 逆向收费读文献社群 (2018-06-09) 逆向收费读文献社群(第二年通知)(2019-01-26) 大概有50人加入吧,成功坚持下来的朋友们累 ...

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