R绘图笔记 | 热图绘制 / 开普饭

[Pheatmap 绘制多分组热图] 热图作为实验数据分布情况的直观展示方法,已经成为高分文章的不错选择,它不仅可以对数据质量进行具像化展示,还可以对数据和样品进行聚类.在R中有多个包均可绘制热图,今 ...

前面我们推送了南方医的一个后起之秀的新R包:快来使用ggheatmap强化你的热图吧!目前已经正式被R语言社区的CRAN接受了,大家可以放心的使用起来! 下面是包作者的实战笔记前言:自从公开gghe ...

咱公众号也不能只做一个系列,所以经过深思熟虑,打算将来慢慢增加一些内容,主要有以下几个系列TCGA数据分析系列GEO数据分析系列"老板给一个基因,我该怎么办"系列文献阅读系列R语言 ...

创作原因用法参数可视化综合示例结语创作原因目前最为常见的热图绘制R包,主要包括pheatmap和ComplexHeatmap(仅个人使用习惯).它们强大的功能,基本可以满足所有科研人员的 ...

pheatmap是一个非常受欢迎的绘制热图的R包.ComplexHeatmap包即是受之启发而来.你可以发现Heatmap()函数中很多参数都与pheatmap()相同.在pheatmap的时代(请允 ...

导读: pheatmap默认会对输入矩阵数据的行和列同时进行聚类,但是也可以通过布尔型参数cluster_rows和cluster_cols设置是否对行或列进行聚类,具体看分析需求.利用display ...

前面我们在教程:使用R包deconstructSigs根据已知的signature进行比例推断,顺利的把508个病人,根据11个signature进行了比例推断,得到的比例矩阵以普通的热图,以及phe ...

前两天我向大家推了16s做差异分析的两个包(没有看的请点击下面链接): 1.16s分析之差异分析(DESeq2) 2.16s分析之差异OTU 挑选(edgeR) 差异做出来了如何展示,也是一个值得思考 ...

关于绘图图,前面介绍了一些: 这里介绍箱形图的绘制,这些图形在文章中是很常见的,也是必须要掌握的.比如下图中的E图(来自文献:DOI: 10.1002/jcp.30015 ) 一.读入数据如果你想获 ...

前面,介绍过散点图绘制,也介绍了柱状图的绘制.本文介绍直方图和核密度估计图的绘制. 1.直方图直方图是数值数据分布的精确图形表示.这是一个连续变量(定量变量)的概率分布的估计,并且被卡尔·皮尔逊(K ...

本文由可爱的乔巴根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读上期介绍了利用psych包计算两组小样本的相关性并进行热图可视化,但当样本数据量非常大时,psych包会耗费的时 ...

本文由可爱的乔巴根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读在多组学数据关联挖掘中,在我们筛选到目标基因集以及目标蛋白质集合或目标代谢物集合后,在进行基因与蛋白质或代谢关联 ...

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