R语言学习系列之“多变的热图” / 开普饭

导读: pheatmap默认会对输入矩阵数据的行和列同时进行聚类,但是也可以通过布尔型参数cluster_rows和cluster_cols设置是否对行或列进行聚类,具体看分析需求.利用display ...

前两天我向大家推了16s做差异分析的两个包(没有看的请点击下面链接): 1.16s分析之差异分析(DESeq2) 2.16s分析之差异OTU 挑选(edgeR) 差异做出来了如何展示,也是一个值得思考 ...

[Pheatmap 绘制多分组热图] 热图作为实验数据分布情况的直观展示方法,已经成为高分文章的不错选择,它不仅可以对数据质量进行具像化展示,还可以对数据和样品进行聚类.在R中有多个包均可绘制热图,今 ...

pheatmap是一个非常受欢迎的绘制热图的R包.ComplexHeatmap包即是受之启发而来.你可以发现Heatmap()函数中很多参数都与pheatmap()相同.在pheatmap的时代(请允 ...

前面我们在教程:使用R包deconstructSigs根据已知的signature进行比例推断,顺利的把508个病人,根据11个signature进行了比例推断,得到的比例矩阵以普通的热图,以及phe ...

用于绘制交互式和静态热图的R包和功能很多,包括: heatmap()[R基本函数,统计数据包]:绘制一个简单的热图 heatmap.2()[ gplots R包]:与R base函数相比,绘制了增强的 ...

separate {tidyr}的功能是使用正则表达式分隔符将字符列分隔成多个列.给定正则表达式或字符位置向量,separate()将单个字符列转换为多个列.这个功能在生信分析中用到的频率太多了,比如 ...

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其实相对于常见的编程语言,R语言还是非常容易上手.学习1年多时间,就可以找一份不错的工作了. 前言我当初学习R的时候在网上搜到一则流传很广的R语言学习路线图(R语言学习由浅入深路线图),我在微信圈, ...

最近看了看<R数据科学>(即R for data science的中文版)和<R语言-实用数据分析和可视化技术>(即R for Everyone Advanced Analyt ...

jimmy导读英雄帖发出之后,有新朋友加入,也有老朋友捧场,看样子88篇生物信息学优秀博客合集的小目标近在眼前了. 诚邀您加盟,生信技能树生信土豆侠的-人体解剖医学包-gganatogram的 ...

apply() apply(m,dimcode,f,fargs) m 是一个矩阵. dimcode是维度编号,取1则为对行应用函数,取2则为对列运用函数. f是函数 fargs是f的可选参数集 > ...

白介素2的读书笔记,分享临床科研干货,一起见证时间的力量 [科研绘图需求点我][付费精品合集][SEER点我] [临床预测模型专辑点我][生物信息数据库挖专辑点我] [临床数据挖掘专辑点我][SEER ...

[科研绘图点我][付费精品合集][SEER点我] 今天是各类统计方法R语言实现的第12期,我们主要介绍泊松回归. 泊松回归计数型,如某地区某年发生肿瘤患者的人数等,常用泊松回归,假设因变量Y服从泊松 ...

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