【直播】我的基因组（十一）:测序数据的比对 / 开普饭

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NGS数据分析实践:06. 数据预处理 - 序列比对+PCR重复标记+Indel区域重比对+碱基质量重校正目录 1. 序列比对 1.1 参考基因组建索引 1.2 序列比对 2. 排序 3. PCR重 ...

首先记住一个很重要的知识点,变异是相对的! 简单说一下什么是找变异,变异跟突变有什么区别呢?举个栗子:有国际组织规定了人类的参考基因组(如UCSC,ENSEMBL,NCBI等,前面帖子都有讲),就是 ...

由于我是分期付款,所以我先拿到了我的测序数据的质控结果和比对情况分析报告,需要补齐全款后才能拿到原始测序数据!(中间还出了个小意外,打款的时候不小心多打了30块钱!(⊙o⊙)-不过多打的30块钱想拿回 ...

质控之前我们在直播八的时候分析过,公司也给了我质控后的的数据,但是毕竟是别人做的,我们做为一个数据分析师,自己动手来验证一下公司给出的报告也是再好不过的了.大家可以跟着我先将下载数据进行一下质控. 因 ...

之前我们说了比对上的数据,那么会有人想到有没有没有比对上的数据呢? 既然是从我的血液里面提取到的DNA进行测序的,那么理论上测序仪出来的所有测序reads都应该是我的,也应该都可以比对到人类的参考基因 ...

公司给了raw data, clean data,还有alignment的bam文件.在这之前我的博客提到,虽然公司给了比对好的bam文件,但我还是想要自己再比对一下,这就需要把fastq文件上传到服 ...

普通小麦是一个由三个密切相关的亚基因(AABBDD)组成的异源六倍体.它被认为起源于两次多倍化事件:第一次是野生四倍体小麦(AA)与未发现的节节麦谱系(BB)杂交形成的四倍体,距今约50万年;第二次是 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本系列的上一篇推文,即"开篇"中已经描述了宏基因组研究的基本思路和方法.先回顾一下,首先是收集样 ...

在前面我们用 ChIP-seq 的分析方法可视化了一下我的 WGS数据,结果我们的测序深度分布居然是跟基因组的genomic feature相关. 比如在TSS附近,就很明显看到了一个测序深度峰值(具 ...

在前面的直播基因组系列,我们讲解过那些比对不少我们人类的参考基因组序列的数据,其实可以细致的进行探究.直播]我的基因组(十五):提取未比对的测序数据这里主要参考这篇文章的图4:http://www.n ...

【直播】我的基因组（十一）:测序数据的比对