gpl16699平台的探针注释到基因名（十一月学徒投稿） / 开普饭

欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 这一节的内容包括应用 GEOquery包下载芯片数据,提取表达矩阵,提取m ...

使用bioconductor注释包如果该芯片平台有对应的bioconductor注释包,只有约90个常用的芯片有! 比如: library(hgu133a.db) ids=toTable(hgu13 ...

在全网最系统的表达芯片数据处理教程我没有做过多芯片注释的讲解,不过后期推文倒是很多.实际上,很多时候,策略是没有标准的, 比如最近处理大名鼎鼎的hgu133plus2芯片:library(GEOque ...

第一次是:TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案第二次是:(重磅!价值一千元的R代码送给你)芯片探针序列的基因组注释其中第二个教程是纯粹的R代码技巧,怕粉丝看不懂,我 ...

最近在答疑群里收到一个很经典的提问,就是: 请问各位老师,GPL570芯片中应该有部分基因是LncRNA,能否通过基因重注释的方式把有意义的LncRNA筛选出来呢?R语言能否实现呢? 而且学生特别的好 ...

大部分的生物学高通量数据处理后都是得到基因集,不管是上调下调表达基因集,还是共表达的模块基因集,都是需要注释到生物学功能数据库来看基因集的意义,最常见的是GO/KEGG数据库啦,还有很多其它在Msig ...

写在前面我们在处理GEO芯片数据的时候,经常会碰到芯片的数据的注释文件没有提供基因名,只有基因的序列.替代的解决办法就是对所有的注释数据来进行批量的blast,利用注释文件提供的序列来通过blast ...

GEO数据库中 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 存储着大量的来源于各种平台(Platforms)的数据: 基于Technology,又可分为以下几大类: 芯片主要以 ...

现在很多文章开始出现这样的一种情况,在绘制火山图中,显示我们所关注的基因,那么如何去显示呢?很多人可能会这么做,在绘制普通的火山图之后,使用AI对图进行修改,添加部分基因,但是现在我要介绍的是如何用R ...

这么简单的问题,总是有人问,而且总是有人不搜索就到处问,本来我是很生气的,后来想一想,应该是我们没有教会大家搜索,也不能全部怪新手. 以前我都是建议大家取最大表达值探针来作为基因的表达量,其实最大值也 ...

gpl16699平台的探针注释到基因名（十一月学徒投稿）