(13)Hg19基因组的一些分析-生信菜鸟团博客2周年精选文章集 / 开普饭

长读长测序及其在人类基因组中应用--组装篇原文地址: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.05.26.445798v1.full.pdf+htm ...

做人全基因的变异检测,首先需要下载人全基因组参考序列.参考序列主要是一些已发表物种基因组的一些信息,可以包括基因组序列,基因的核酸序列,基因的氨基酸序列,坐标文件,注释信息等,需要针对不同的分析目的, ...

一.人类基因组有多大参照UCSC提供的hg38版本,也是目前常用的人类参考基因组 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg3 ...

其实我现在已经不写软件教程了! fastqc对原始测序reads质控 NCBI的blast++软件使用说明书 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式目录一:下载安装该软件 ...

生信常用论坛seq-answer里面所有帖子爬取生信常用论坛bio-star里面所有帖子爬取这个是爬虫专题第一集,主要讲如何分析bio-star这个网站并爬去所有的帖子列表,及标签列表等等,前提是 ...

目录如下: 生信人必学ftp站点之NCBI-GEO 脚本作业-解读NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息 NCBI的taxid简单介绍 NCBI的基因entrez ID相关文件介绍请直接看我博客吧 ...

这个我非常喜欢,目录如下: 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-NCBI下载对应关系 gene的各种ID转换终结者-biocond ...

主流有3个,我只介绍了两个: 用crossmap代替liftover做基因组坐标转换 liftover基因组版本直接的coordinate转换其实国际三大主流生物信息学数据库运营单位都出了自己的基因 ...

包括下面几个软件的用法,是我刚入门写的了,感兴趣的去我博客搜索看看,意义不大,我就复制粘贴那些内容了,我讲一点别的: solexaQA 对测序数据进行简单过滤 RSeQC对 RNA-seq数据质控 N ...

目录如下:研读橡胶的基因组文章-结果没有原始测序数据草莓基因组文章解读-并下载原始测序数据阅读文献下载原始reads之pacbio全基因组数据自学无参RNAseq数据分析第一讲之参考文献解读自学CHI ...

WES就是通常我们说的全外显子测序,已经逐步应用到医疗领域了!本次例子的测试数据就是一个自闭症家系的全外显子测序数据结果,我本来雄心勃勃的想帮助他解决病因的问题,后来发现我还是太嫩了,只是会一点数据分 ...

这个实例上部分包括: 如何用R包下载GEO数据(只限单一平台,其余平台需要修改下面的代码) 如何对GEO的芯片数据归一化并且得到表达量矩阵, 如何用limma包做差异分析, 对找到的差异基因如何做GO ...

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