微生物环境因子分析(RDA/db-RDA)-ggvegan包 / 开普饭

写在前面微生物生态学领域经常要使用三种差异分析方法,分别似乎MRPP,anosim,adonis.很多人也问,到底使用哪种方法比较好,当然也有一些博文对他们有过简单的区别,但是目前没什么大的不同.这 ...

写在前面 alpha多样性主要包括三方面内容:多样性,丰富度和均匀度.就扩增子数据来说,大部分的文章都是使用OTU来做多样性分析.但是长期以来我们都知道,OTU多样性并不是真正的物种.最近看到一篇文章 ...

写在前面算法肯定不同,功能相近. 时间戳:现在2020年8月8日,我在上周便构造了这个函数,用于模仿cytoscape网络的矩阵布局.类似下图的样式. 但是我觉得这个算法我写的不够完善,后面应该还会 ...

写在前面2 今天补充几句话,这部分机器学习的完整内容也会整理到刘老师主编的.实验和分析方法的项目中,这里只是一个引子,供大家理解和学习. 写在前面1 现在机器学习,尤其是随机森林在微生物组学的应用越来 ...

本文由阿童木根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读本篇内容分为以下三块:(1)NMDS和PCoA分析:上一篇的多样性分析中介绍了利用QIIME2进行PCoA分析研究菌 ...

9.3 用ANOSIM假设检验组间的不同 9.3.1相似性分析介绍(ANOSIM) ANOSIM仅仅是基于两个距离矩阵之间标准化秩相关的Mantel测试的修正版本. ANOSIM检验是由Clarke ...

写在前面目前我们在Easystat用于数据差异分析及其可视化方面做了很多的工作,尤其是大大扩展了可视化的类型,相信大家总能找到一种适合自己的可视化方式.现在我带领大家使用此包进行微生物组数据的差异分 ...

‍‍‍‍ " 世上所有的成功只是努力的另一个代名词." --科白君 "R实战"专题·第13篇编辑 | 科白维尼 3470字 | 8分钟阅读本期推 ...

本次基于扩增子的培训代码全部的环境在terminal中.这将在无论是个体电脑还是服务器上都可以顺利布置,更加高效,灵活,把握核心内容.我目前的习惯还是基于rstudio的Rmd.我考虑到的是可视化工作 ...

"知其然,必知其所以然" "R实战"专题·第14篇编辑 | free傻孩子 4456字 |12分钟阅读本期推送内容本节我们将为大家介绍两种非对 ...

今天,看到赖江山老师在博客中分享了vegan中的一些函数的中文帮助文件,翻译专业,可读性强,这本材料是我们熟悉vegan原理和提高内涵的有力学习途径.(末尾有彩蛋) 本文主要做NMDS分析并做一张完善 ...

maptree以其优异的可视化展示方式,最近似乎博得很多人的眼球,如果我门让maptree动起来呢? 这种方式用来展示微生物群落的从属关系十分合适,下面让我们来试试: 很少的代码即可实现如此复杂的图片 ...

写在前面因为我们测定的样本不总是可以匹配上的,但是最少的样本也不能太少,我们测定的三个样本做相关其实还是被质疑,但是测定了5或者6个重复,这个时候直接将样本比较多的样本过滤掉比较少的样本不就可以了吗 ...

微生物环境因子分析(RDA/db-RDA)-ggvegan包