如何获取非模式生物KEGG PATHWAY的基因集并用clusterProfile做GSEA？ / 开普饭

最近写了一段代码,基于肿瘤TCGA数据库进行一系列分析.只要输入基因名,就可以得到以下结果(注意:只能是mRNA的gene symbol) 1 泛癌表达:该基因在33种肿瘤中的表达 2 差异表达:肿瘤 ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

寻找差异表达的基因并识别它们的功能,是我们进行RNA测序的最主要目的.很明显,这些差异的基因必然与功能改变密切相关,例如,比较患病个体与正常个体的组织表达谱,不难想到这些显著失调的基因参与了生物学过程 ...

随着高通量测序的越来越火,对于一个基础实验而言,往往第一步都是需要做点儿高通量测序,来发现一些新的东西,才能往下做.如果不这么做的话,好像就感觉差人一步似的.尤其是对于新兴的一些RNA.比如circR ...

一份高度定制化个性化的富集分析教程,将解决你做富集分析的全部问题. 写在前面上周末两天,加上这几天每天晚上抽出两个小时,我急行军似的开始构建一套转录组分析流程.因为想到转录组已经很多人发教程了,我虽 ...

各位医学方的朋友,大家好.我是Flyman! 做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性,生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析,研究一下他们参与到什么 ...

前段时间,毕业转医学的师弟和我讨论了一些基因集合功能富集分析的项目.对于非模式生物来说,麻烦的不仅仅是富集分析,更在于"注释",如Gene Ontology注释和KEGG注释.聊到 ...

本次的练习是:尝试使用一个公式,来消除指定单元格区域中的空单元格,即获得的值中不包括空单元格,如下图所示. 先不看下面的内容,自已试试! 公式思路先找到非空单元格所在行的行号,获取行号并以行号作为I ...

今日,非同(成都)生物科技有限公司(以下简称:非同生物)宣布完成数千万人民币的 Pre-A 轮融资,由境成资本独家投资完成.该公司专注于肿瘤免疫治疗领域创新抗体药物研发,融资所得主要用于推进公司在研项 ...

放眼中国肿瘤创新药,随着一系列政策的出台,低端仿制药模式被逐步压缩,同时肿瘤发病率和死亡率逐年攀升,创新型抗肿瘤药物市场需求不断上涨,国内抗肿瘤生物创新药发展空间巨大.近些年,包括单抗.多抗.ADC ...

编译:秦时明月,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读狭叶羽扇豆(Lupinus angustifolius L.)是一种粮食作物,既是一种绿肥,也是动物饲料和人类食物的蛋白质来源.在 ...

因为线虫具备的以下这些特性完全符合了Brenner当初的预想: 线虫在土壤中生活,成虫体长1-2毫米左右,身体半透明,靠捕食微生物为生,容易在实验室饲养. 线虫有雌雄同体和雄虫两种性别,雌雄同体可以自 ...

原核生物中的大肠杆菌和真菌中的酵母都是大名鼎鼎的模式微生物,天天泡实验室的你应该再熟悉不过了. 大肠杆菌作为外源基因表达的宿主,遗传背景清楚,技术操作与培养条件简单,是应用最广泛.最成功的表达体系.大 ...

拟南芥属被子植物门,双子叶植物纲,十字花科植物(十字花科常见植物有油菜.萝卜.卷心菜等),为鼠耳芥属.广泛分布于欧亚大陆和非洲西北部.产华东.中南.西北及西部各省区.生于平地.山坡.河边.路边.朝鲜. ...

无脊椎动物中的秀丽隐杆线虫,是一种食细菌的线性动物,其体长度 1mm,通身透明,主要以雌雄同体方式存在,体细胞数目恒定,特定细胞位置固定,是目前唯一一个身体中每一个细胞都能被溯源的生物. 自 1965 ...

如何获取非模式生物KEGG PATHWAY的基因集并用clusterProfile做GSEA？