使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况） / 开普饭

前段时间,毕业转医学的师弟和我讨论了一些基因集合功能富集分析的项目.对于非模式生物来说,麻烦的不仅仅是富集分析,更在于"注释",如Gene Ontology注释和KEGG注释.聊到 ...

五一劳动节,连续五天,在钉钉群直播互动授课带领大家系统性掌握cytoscape软件的使用方法和技巧!见:生信必备技能--Cytoscape 下面是cytoscape讲师的笔记 BiNGO插件基因富集 ...

各位医学方的朋友,大家好.我是Flyman! 做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性,生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析,研究一下他们参与到什么 ...

据不完全统计,今年来基迪奥OmicShare云工具平台的KEGG和GO富集分析工具使用次数已经突破30,000+啦!KEGG和GO富集分析作为平台使用频率最高的工具之一,一直陪伴大家.听许多对生信还不 ...

最近咱们<生信技能树>的VIP答疑群,有这样的提问: 我觉得很有代表性,很多人仅仅是学了个皮毛,知道是需要进行ID转换,也能够运行代码.但是却搞不懂,不理解自己为什么进行ID转换,以及 ...

一.GO分析的理论知识 what is Gene Ontology(GO)? 基因'本体论' Gene Ontology中最基本的概念是 term.GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形 ...

转录组.蛋白组等测序结束后,筛选差异基因之后需要做的第一步工作可能就是需要功能富集,看基因的作用.做富集的工具也有很多,在线的工具也有大批,但是总体来说更新较慢,可视化操作不是很强. R语言成了很多人 ...

葡萄的参考基因组下载自NCBI,下载链接是https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/003/745/GCF_000003745.3_12X/ 基 ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

新课发布在B站了,马上有热心的粉丝看完后写了配套笔记: 下面是粉丝linbo的笔记投稿多个亚群各自merker基因联合进行GO以及KEGG分析在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的maerker基因 ...

不管是 GO或者KEGG这样的常见数据库的注释结果,还是mesh,reactomePA, DOSE这样的略微小众的数据库资源,不管是超几何分布检验的富集还是GSEA的算法,都Y叔都有对应的可视化函数支 ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

约莫一个月前,不知为何,突然收到好几个朋友问了一些TBtools的使用问题.按照我个人的设想,TBtools的使用应该不会存在使用问题.从开放使用至今,几乎没有停止过接受用户的反馈和改进.感谢TBto ...

使用clusterProfiler进行GO、KEGG富集分析（有参情况）