Y叔的clusterProfiler承包了富集分析结果的可视化 / 开普饭

最近写了一段代码,基于肿瘤TCGA数据库进行一系列分析.只要输入基因名,就可以得到以下结果(注意:只能是mRNA的gene symbol) 1 泛癌表达:该基因在33种肿瘤中的表达 2 差异表达:肿瘤 ...

在整个七月和八月份总共发表了在线数据库61个.这里我们基于前面两期的分类,主要汇总成了五个方面:疾病相关数据库,DNA相关数据库,RNA相关数据库,蛋白相关数据库,流程化数据库以及其他方面的数据库.由 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2487天文末有惊喜从小白的角度,一刻钟复现生信套路.各位小伙伴大家好,我是解螺旋的雪球.今天雪球为大家带来一篇2020年10月份发表于Aging-US(影响因子:4. ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

安装并导入要用到的R包 BiocManager::install("clusterProfiler") #感谢Y叔的clusterprofiler包 BiocManager::in ...

Immune-related gene signature for predicting the prognosis of head and neck squamous cell carcinoma用 ...

大家好,我是浮浮~ 之前有小伙伴反馈说基因家族太难,还是单基因好做一些. 但是单基因的生信文章不太容易发了. 那么今天我们零代码复现一篇今年发表在Frontiers in Oncology杂志上的单基 ...

转录组.蛋白组等测序结束后,筛选差异基因之后需要做的第一步工作可能就是需要功能富集,看基因的作用.做富集的工具也有很多,在线的工具也有大批,但是总体来说更新较慢,可视化操作不是很强. R语言成了很多人 ...

之前我有多个基因集的时候,比如下面这个: > head(moduleGenes[,2:3]) module chr 1 brown ENSG000001 ...

葡萄的参考基因组下载自NCBI,下载链接是https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/003/745/GCF_000003745.3_12X/ 基 ...

寻找差异表达的基因并识别它们的功能,是我们进行RNA测序的最主要目的.很明显,这些差异的基因必然与功能改变密切相关,例如,比较患病个体与正常个体的组织表达谱,不难想到这些显著失调的基因参与了生物学过程 ...

这部分开始进行基本的富集分析,两类 A:差异基因富集分析(不需要表达值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不管有无差异,需要全部genes表达值) ######## ...

编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读差异表达分析(DE)和基因富集分析(GSE)常用于单细胞转录组研究中.本研究中,作者开发了一种集成且可扩展的方法--iDEA,可通过分 ...

前面说过,GO分析给出差异表达基因的基本特征描述,比如细胞组分.生物活动和分子功能,但是这种描述都是笼统的概述,并不具体.比如,GO分析描述一个人,从长相.籍贯.学历.专业.工作等等,但是对于这个人在 ...

GSEA定义 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的贡献. 其输入数据 ...

Y叔的clusterProfiler承包了富集分析结果的可视化