掀起你的盖头来，GSEA富集分析 / 开普饭

各位医学方的朋友,大家好.我是Flyman! 做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性,生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析,研究一下他们参与到什么 ...

导语今天和大家分享的是2019年11月发表在Frontiers in Genetics杂志(IF=3.517)上的一篇文章,"Identifying Key Genes and Funct ...

大家应该对通路富集分析都很熟悉,如DAVID.超几何富集分析等.都是在大量文章中常见的通路富集方法,给大家介绍一个更加复杂的通路富集分析的前期数据处理包GSVA(gene set variation ...

富集分析基因富集分析(gene set enrichment analysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白.研究方法可分为三种:Over-Repressentation Analy ...

GSEA定义 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的贡献. 其输入数据 ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

写在前面时间拨回去 2015年,那时我接触生信已有一年,TBtools 开发尚在萌芽阶段.那会,我写了几款小的软件,包括 "blast3go",为的是应对即将收费的"b ...

GO.KEGG.GSEA富集分析,已经注释好的数据,自己注释的数据,都在这里 NGS系列文章包括NGS基础.转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这).ChIP-seq分 ...

新课发布在B站了,马上有热心的粉丝看完后写了配套笔记: 下面是粉丝linbo的笔记投稿多个亚群各自merker基因联合进行GO以及KEGG分析在前面几节我们已经知道各个细胞亚群的maerker基因 ...

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

掀起你的盖头来，GSEA富集分析