点点点 | 真香！Simple GO GSEA 富集分析 ~ / 开普饭

各位医学方的朋友,大家好.我是Flyman! 做过下游分析的小伙伴都知道富集分析的重要性,生信类文章大家总会在最后一步针对我们前面筛选出来的差异基因做一下GO/KEGG富集分析,研究一下他们参与到什么 ...

GSEA是非常常见的富集分析方式,以前我们做GSEA需要用依赖java的GSEA软件,那个时候准备分析的文件可能要花上很长时间,报错还不知道如何处理.现在我们来学习一下R语言进行GSEA分析. 加载R ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

富集分析基因富集分析(gene set enrichment analysis)是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白.研究方法可分为三种:Over-Repressentation Analy ...

前面说过,GO分析给出差异表达基因的基本特征描述,比如细胞组分.生物活动和分子功能,但是这种描述都是笼统的概述,并不具体.比如,GO分析描述一个人,从长相.籍贯.学历.专业.工作等等,但是对于这个人在 ...

GSEA定义 Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的贡献. 其输入数据 ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

GO.KEGG.GSEA富集分析,已经注释好的数据,自己注释的数据,都在这里 NGS系列文章包括NGS基础.转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这).ChIP-seq分 ...

提到武汉小吃,大家的第一反应就是热干面.热干面已经成了武汉饮食文化的一张名片.那么武汉热干面是怎么起源的呢?这里有一个故事,三十年代初,汉口有位卖汤面的蔡明伟,他的汤面非常受欢迎,客人经常在他的小店 ...

网视导读:<最强大脑>前两天又上热搜了,不过这一次热议的并不是天才们的极限挑战,而是已具有一定名气的B站up主逍遥散人被淘汰. 这一季的<最强大脑>,邀请了三位女明星作为副队长 ...

各位小伙伴们好,我的笔名是甄诚,曾经就读于首都经济贸易大学市场营销专业,在19年10月份来到法国巴黎蓝带厨艺学院开始正式学习法餐,今天我就来和大家分享一下我为什么到法国学习法餐以及在法国蓝带的就读体验 ...

家常烙饼好吃有诀窍,掌握这三种方法,层次分明,外皮酥脆,真香家常烙饼好吃有诀窍,掌握这三种方法,层次分明,外皮酥脆,真香展开

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