cox可以火山图为什么gsea结果不行 / 开普饭

TCGA转录组数据在完成差异分析后,我们通常希望系统地获取这些成百上千的差异基因的功能信息,帮助我们分析下游实验的思路.面对大量的差异基因,逐个查询基因功能是不切实际的.所以我们需要借助基因功能富集分 ...

GSEA(Gene Set EnrichmentAnalysis),即基因集富集分析,无需设定阈值来区分上调下调基因,使用所有的基因进行分析. GO 和 KEGG 可参考:R|clusterProfi ...

GSEA是非常常见的富集分析方式,以前我们做GSEA需要用依赖java的GSEA软件,那个时候准备分析的文件可能要花上很长时间,报错还不知道如何处理.现在我们来学习一下R语言进行GSEA分析. 加载R ...

任务选择p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因为显著差异表达基因集,对这个基因集用R包做KEGG/GO超几何分布检验分析. 把表达矩阵和分组信息分别作出cls和gct文件,导入到G ...

在GSEA分析中,在MSigDB(Molecular Signatures Database)数据库中定义了很多基因集,下载的基因集是gmt格式文件.下载的gmt格式文件,打开后可以看见是下面这个样子 ...

火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大:纵坐标为P value(P值),值越大差异越显著.得名原因也许是因为结 ...

火山图是用于差异表达分析结果可视化的一种有效方法.今天,我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包:EnhancedVolcano ,该包拥有强大的绘图功能,用户可以简单的通过设置颜色.形状.大小 ...

现在很多文章开始出现这样的一种情况,在绘制火山图中,显示我们所关注的基因,那么如何去显示呢?很多人可能会这么做,在绘制普通的火山图之后,使用AI对图进行修改,添加部分基因,但是现在我要介绍的是如何用R ...

最近刷文献,发现一个很有趣的火山图,文献是发表在 October 7, 2019的PNAS的:Immune effector monocyte–neutrophil cooperation induc ...

大量的NGS队列都是肿瘤研究领域,比如乳腺癌领域的复旦邵志敏团队TNBC队列,肺癌领域的吴一龙教授团队的队列,以及新加坡国家癌症中心的东亚肺腺癌(EAS LUAD)列队,动辄经费百万起步. 但是我一直 ...

最近有粉丝在我b站的数据挖掘视频课程发弹幕吐槽我授课时候作为例子的火山图不怎么好看,希望我提高一下自己的审美. 课程是:三年前的数据挖掘课程(TNBC表达矩阵探索) https://m.bilibil ...

差异分析,大家都喜欢两个分组的比较,但实际科研项目,往往是比这复杂,多达十几个甚至几十个分组也不稀奇.昨天的教程:多分组的差异分析只需要合理设置design矩阵即可,我们展示了无论多少个分组,都可以很 ...

写在前面 Emmm....课题组昨天开小组会了. 基于博导的建议与提醒,我又开始跳下来看生物学问题. 在当前课题的实验设计里面,我们总共有70个样品,于是我写了一个循环做了每个样品之间两两差异表达分 ...

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