单细胞drop-seq数据的分析流程以及debug过程 / 开普饭

Harvard FAS Informatics出品的ATAC-seq测序指南 github链接:harvardinformatics/ATAC-seq 参考文献:ATAC-seq: A Method ...

引子目前NCBI上的数据已经超过的14个P,公开的测序数据也已近到达5个P,而且目前随着二代测序成本的继续下降,测序数据将在很长一段时间内持续井喷.面对如此大量的数据包含大量的与作物相关土壤相关的数 ...

整理:谢鹏昊修改:文涛序列拼接一.QIIME 二. Vsearch 三. Usearch 序列拼接拿到扩增子测序结果之后的第一件事就是序列拼接(默认公司发放的数据都是没有问题的,所以不进行质量 ...

这是一篇排坑指南,并不是操作指南,主要是理解思想,出现错误可以找到有限的候选方向去解决. 写在前面: 扩增子分析不知不觉已经做了三年了,什么大坑都见过了,如何修改都经历了,可是今天我做的一组数据竟然完 ...

本文由Bayegy根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读明明测了100000条序列,为什么我用dada2得到的OTU丰度只有8000?是人性的扭曲还是道德的沦丧? ...

如果你想亲手分析自己的数据,生信技能树联合单细胞天地也推出了:7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费) 足足7个小时,34集,涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系,希望能够帮助到你的课 ...

2013 年,单细胞基因测序(Single Cell Sequencing)被 Nature 杂志评为年度技术,也被认为将对生命科学界和医学界带来重要改变. 传统测序中,多以数十万个细胞基因组作为测序 ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

随着单细胞测序技术的流行,我们对复杂疾病和性状的理解从patient,tissue的表达谱(bulk RNA-seq)到单个细胞的表达谱(single cell RNA-seq).究其原因,在于bul ...

前些天我在生信技能树介绍过star-fusion:最好用的融合基因查找工具终于正式发表了 ,然后在另外一个教程:一个好像没有做任何改变的参数提到了目前大量的单细胞转录组数据出来了,却没有一个文章去探 ...

我的课题只有一个10x样本肿么办? 两个样品的10x单细胞转录组数据分析策略三个10X单细胞转录组样本CCA整合多个单细胞转录组样本的数据整合之CCA-Seurat包在教程:使用seurat3的 ...

本发明涉及交通技术领域: ,尤其涉及一种一票制公交数据的分析挖掘方法. 背景技术: :近年来智能公交系统快速发展,挖掘公交刷卡大数据成为指导运营规划的新手段,但一票制公交缺乏乘客的下车站点信息,阻碍 ...

Facebook首先是大数据我以前有一个观点,或叫不同意见,与互联网同行交流起来,感到非常费劲.他们总是认为,Facebook首先是SNS:我却认为,Facebook首先是数据.我指出:" ...

单细胞drop-seq数据的分析流程以及debug过程