PBJ | 中国农业科学院邱丽娟：通过结合GWAS和生物气候挖掘中国大豆地方品种环境适应性位点

推荐：江舜尧

编译：小憨豆

编辑：马莉

中国农业科学院作物科学研究所邱丽娟团队于2019年7月6日在《Plant Biotechnology Journal》上发表了题为《Identification of Loci ControllingAdaptation in Chinese Soybean Landraces via a Combination of Conventional andBioclimatic GWAS》的文章，该研究利用GWAS解析了中国大豆地方品种环境适应性的遗传基础。

文章摘要

地方品种通常包含有现代栽培品种中已丢失的遗传多样性，尤其是一些适应当地环境的优异等位基因。为了全面鉴定与大豆地方品种的适应性相关的基因座（例如开花时间），研究人员搜集了1,938份大豆地方品种和97份野生大豆品种，采用tGBS测定其基因型。基于99,085个高质量SNPs，将地方品种分为三个具有地理遗传分化的亚群。从STRUCTURE，主成分分析和邻接树分析推断出聚类。利用在两个不同地理位置收集的表型数据，确定了17个与开花时间相关的SNPs（TASs），包括一个稳定的基因座Chr12:5914898以及之前未检测到的候选QTL/基因（在先前克隆的开花基因E1和E2的附近）。此外，有27个SNPs与三种生物气候变量（温度、日长和降水）的适应性有关，9个SNPs在开花时间上表现差异。这些花期和气候变化适应性相关的SNPs，绝大多数（38/44）含有人工选择和驯化的信号。

该研究揭示了中国大豆地方品种对于环境适应性的遗传基础，为培育广适大豆品种提供了很好的信息，同时也为将来应对全球环境气候变化培育新品种奠定遗传基础。

文中重要图片说明

Fig1:大豆种质资源的地理分布

Fig2:STRUCTURE 分析、主成分分析

Fig3: 两个不同地理位置的GWAS分析

Fig4:调控大豆开花期的遗传位点解析