几行R代码帮你从pubmed搞定meta分析文献的检索！下载！整理！

划重点：利用R语言几行代码，快速从pubmed根据keywords搜索数据（不会爬虫也没关系），查看下载数据，整理数据格式，一步到位。

meta分析大家都知道，数据收集和整理是整个过程中非常熬人

的一步，github上不缺的就是大神

，新近发现了一个包pubmedR分享给正在或者将来可能要做mmeta分析的各位瓜客

上菜！

pubmedR包中的示例

输入1：包的安装及调用

install.packages('pubmedR')  # 首次使用先安装library(pubmedR)  # 调用

第一步：确定检索关键词和其他信息

如下，[Title/Abstract ]中是关键词，示例中是“bibliometric”，如果有多个关键，遵循的是pubmed检索规则，如用&符号隔开。[LA]是目标语言，此处是英文。[PT]文献类型，发表的期刊。[DP]是时间间隔。

query <- "bibliometric*[Title/Abstract] AND english[LA] AND Journal Article[PT] AND 2000:2020[DP]"

第二步：检索文献，可以看看文献总数

如下，需要注意的是api_key这个参数，不指定的话每秒请求3次数据，如果指定的话每秒请求10次数据，如果瓜客们的数据量大，建议指定。那么如何指定呢，需要在NCBI注册一个账号，然后进入账号设置里设置，会自动给出一长串字符串，即该账号的api，然后粘贴在R代码中就好了。

res <- pmQueryTotalCount(query = query, api_key = NULL)# res <- pmQueryTotalCount(query = query, api_key = api_key) res$total_count

第三步：下载数据，并将XML格式转换

如下，如果pmApiRequest这行操作失败，是由于Rstudio的语言环境不是英文导致的，需要运行Sys.setlocale(category  = "LC_ALL", locale = "C")这行修改当前的语言环境。

D <- pmApiRequest(query = query, limit = res$total_count, api_key = api_key)D$query_translation# Sys.setlocale(category  = "LC_ALL", locale = "C")M <- pmApi2df(D,format = "bibliometrix")

第四步：整理成常规表格，并查看汇总的数据

# install.packages("bibliometrix") 初次使用请先安装library(bibliometrix)M <- convert2df(M, dbsource = "pubmed", format = "api")results <- biblioAnalysis(M)summary(results)

结果如下：

包括文献类型、作者列表、发表年份分布、被引用排名、文献数据库来源、相关的关键词等等

MAIN INFORMATION ABOUT DATA Timespan                              2000 : 2020  Sources (Journals, Books, etc)        1312  Documents                             3054  Average years from publication        4.85  Average citations per documents       0  Average citations per year per doc    0  References                            1  DOCUMENT TYPES                      biography                         4  case reports                      3  comment                           8  comparative study                 102  editorial                         3  evaluation study                  19  historical article                84  introductory journal article      3  journal article                   2821  letter                            3  review                            4  DOCUMENT CONTENTS Keywords Plus (ID)                    2306  Author's Keywords (DE)                4422  AUTHORS Authors                               9262  Author Appearances                    13651  Authors of single-authored documents  234  Authors of multi-authored documents   9028  AUTHORS COLLABORATION Single-authored documents             313  Documents per Author                  0.33  Authors per Document                  3.03  Co-Authors per Documents              4.47  Collaboration Index                   3.3  Annual Scientific Production Year    Articles    2000        7    2001       17    2002       10    2003       13    2004       23    2005       38    2006       36    2007       40    2008       58    2009       67    2010       83    2011      114    2012      148    2013      190    2014      193    2015      270    2016      301    2017      340    2018      464    2019      531    2020      111Annual Percentage Growth Rate 14.81834Most Productive Authors   Authors        Articles Authors        Articles Fractionalized1    SWEILEH WM         63     SWEILEH WM                   26.402    ZYOUD SH           59     ZYOUD SH                     18.743    AL-JABI SW         48     HO YS                        15.054    HO YS              37     AL-JABI SW                   13.005    WANG Y             28     HUH S                         9.336    YOON DY            28     BORNMANN L                    9.297    SAWALHA AF         26     SMITH DR                      9.008    ZHANG Y            26  E\036ENEL E                      8.209    GRONEBERG DA       23     YEUNG AWK                     6.7210   BORNMANN L         22     SHAMIM T                      6.00Top manuscripts per citations                                               Paper          TC TCperYear1  TAO Z, 2020, ANN TRANSL MED                                 0         02  SALMERC3N-MANZANO E, 2020, INT J ENVIRON RES PUBLIC HEALTH  0         03  C\026ZEN C\aD1NAR D0, 2019, INT J NURS PRACT                    0         04  KAMBHAMPATI SBS, 2020, J CLIN ORTHOP TRAUMA                 0         05  BLAE>UN VOE!NER H, 2020, COMPUT INFORM NURS                 0         06  SEVERIN A, 2018, F1000RES                                   0         07  JUSUE-TORRES I, 2020, CUREUS                                0         08  CHARFI R, 2020, TUNIS MED                                   0         09  JACOB RR, 2020, IMPLEMENT SCI                               0         010 GOERLANDT F, 2020, INT J ENVIRON RES PUBLIC HEALTH          0         0Corresponding Author's Countries  Country Articles Freq  SCP MCP MCP_Ratio1      NA     3054    1 3054   0         0SCP: Single Country PublicationsMCP: Multiple Country PublicationsTotal Citations per Country  Country      Total Citations Average Article Citations1           NA               0                         0Most Relevant Sources                                                      Sources        Articles1  PLOS ONE                                                               1102  SCIENTOMETRICS                                                          703  WORLD NEUROSURGERY                                                      574  INTERNATIONAL JOURNAL OF ENVIRONMENTAL RESEARCH AND PUBLIC HEALTH       445  ENVIRONMENTAL SCIENCE AND POLLUTION RESEARCH INTERNATIONAL              426  MEDICINE                                                                337  NEURAL REGENERATION RESEARCH                                            298  JOURNAL OF THE MEDICAL LIBRARY ASSOCIATION : JMLA                       279  BMJ OPEN                                                                2610 PEERJ                                                                   26Most Relevant Keywords   Author Keywords (DE)      Articles Keywords-Plus (ID)     Articles1      BIBLIOMETRICS              701  BIBLIOMETRICS             16142      BIBLIOMETRIC ANALYSIS      359  HUMANS                    15903      BIBLIOMETRIC               189  PERIODICALS AS TOPIC       6214      CITATION ANALYSIS          129  BIOMEDICAL RESEARCH        4995      H INDEX                    100  PUBLISHING                 4336      CITATIONS             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本集完。

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