RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同 / 开普饭

森严森语:生活中很多时候我都习惯于不知所以而为之,其结果通常坏.原因在于经常的盲目自信和偶尔不愿承认自己的无知.上篇推文介绍了利用Origin绘制热图的方法,推文一经发出,我就察觉到这是极其草率的.原 ...

本文介绍「mRNA生信分析流程」 ❞ mRNA生信分析速览 mRNA生信分析主要包含以下各部分. mRNA分析详细步骤数据质控及过滤 FastQC数据质控关注测序数据的碱基质量.GC比等,见上图红 ...

为什么要做这个计算大家都知道在真核生物里面,一个基因有多个转录本,每个转录组又是由不同的外显子组合而成,以前老旧的RNA-seq分析流程比较喜欢用RPKM值来量化表达量.大家很容易可以搜索到RPKM ...

RNA测序(RNA-seq)在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具.RNA-seq帮助大家对RNA生物学的理解会越来越全面:从转录本在何时何地转录到RNA ...

很多时候我们得到的转录组格式为Count,例如在TCGA数据库下载的数据,如果我们想使用FPKM格式或者TPM,那么就需要转换,不过TCGA数据库也提供了FPKM的格式,貌似miRNA数据只有Coun ...

有一些五六年前的学生们都成长为了各个生物信息学相关公司的小领导,而且他们都有了自己的公众号,知乎号,也算是一番人物.最近他们跟我反馈面试找不到或者说很难直接考核筛选到认真干活的生信工程师,挺有意思的. ...

m6A(N6-methyladenosine,6-甲基腺苷)是真核生物中最常见最丰富的RNA修饰,作为一种可逆修饰,RNA既可以在甲基化转移酶METTL3/14 等酶的作用下发生m6A甲基化修饰,又可 ...

RNA免疫共沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP )是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能帮助我们发现miRNA的调节靶点. RIP ...

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RNA-seq的counts值，RPM, RPKM, FPKM, TPM 的异同