生信教程（一）实例展示如何使用TCGA数据库 / 开普饭

大家好,今天要和大家分享的是2021年6月发表的一篇文章:"Pan-cancer analysis of SETD2 mutation and its association with th ...

大家好,今天要和大家分享的是2021年1月发表的一篇文章:"Apan-cancer atlas of somatic mutations in miRNA biogenesis genes& ...

TCGA计划官方文章在:https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga/publ ...

点击关闭阅读界面 WHO肺部肿瘤组织学分类(第5版,2021) 阳光 Lv.8 2021-5-9 18:00 关注参考WCLC 2020和后续报道资料整理.欢迎学习和分享,存在缺陷和可能的谬误,请各 ...

肿瘤领域的数据挖掘文章真的是"烂大街"了,一个比较成熟的分析策略很容易迁移到TCGA数据库的全部其它各种癌症研究领域.哪怕是再稀有的肿瘤,甚至肿瘤的某个稀有亚型,都是做了几十篇文章 ...

国际癌症研究机构(IARC)于2021年5月出版了<WHO胸部肿瘤分类(第5版)>.与2015年出版的<WHO胸部肿瘤分类(第4版)>相比,<WHO胸部肿瘤分类(第5版) ...

前面我们开通了明码标价专栏: ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600 单细胞转录组的质控降维聚类分群和生物学注释仅收费800 普通转录组上游分析仅收费800 公共数据库的WGCNA分析仅需800 ...

这是实战TCGA数据库的又一个知识点,如果你已经对TCGA有浅显的认识,那么我们应该根据研究方向找到自己的癌症类型,TCGA有一台完整的癌症分型,慢慢这个分型也成为了主流,你别不服气,如果我们有这样的 ...

准备工作 1. 安装conda 推荐使用偷懒方法,比如安装miniconda软件,下载地址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/minicond ...

在墙内搞生物信息学偶尔会遇到一些莫名其妙的问题,比如突然间有天就没办法使用下面这个函数: ### over-representation test kk.up <- enrichKE ...

今年2月份我们推出了单基因泛癌分析的高阶版本.详见: 单基因泛癌高阶套路模板可以说它的内容比今年发表的单基因生信的文章内容都要多对比两篇单基因文章,一篇5分+,一篇未发表速度最快的同学已经投4分 ...

什么是生信?提起生信,相信大家又爱又恨,得不到的永远在骚动.爱是不用做实验就能发原创研究,好棒啊.恨是看不懂那一大串代码,不会操作. 目前,不做实验发文章的主要有两大类:Meta分析,生信.其中生信文 ...

昨天介绍的TC3A是基于TCGA肿瘤数据来进行分析的,而这次的这个APA atlas (https://hanlab.uth.edu/apa/)则是基于GTEx的数据来分析的.如果不清楚TCGA和GT ...

一文解读非肿瘤纯生信文章从小白的角度,30分钟复现生信套路.今天为大家带来一篇2020年5月发表于中山大学学报的生信文章<基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测>的复现 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2533天 7+纯生信ceRNA文章复现在pubmed搜索ceRNA,发现很多实验类的文章,做了很多内容,但是只发了2-3分,所以今天想和大家一起学习2021年1月发表于 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2582天经典的单基因生信研究套路今天跟大家一起学习一下非常经典的单基因生信研究套路,且如果看到本篇推送的小伙伴是研究乳腺癌的话,那真是幸运的一天呦,为何如此说呢,让我 ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2520天高分生信生信文章怎么做? 今天为大家带来一篇影响因子高达8.9分的一篇分析基因家族的生信文章,影响因子虽高,但复现难度却不大,借鉴意义非常大,性价比如此高的文章 ...

生信教程（一）实例展示如何使用TCGA数据库