生信教程(一)实例展示如何使用TCGA数据库
相关推荐
-
7.7分nature子刊,单基因泛癌分析与免疫治疗的关联
大家好,今天要和大家分享的是2021年6月发表的一篇文章:"Pan-cancer analysis of SETD2 mutation and its association with th ...
-
16分的泛癌生信分析,快来学习下
大家好,今天要和大家分享的是2021年1月发表的一篇文章:"Apan-cancer atlas of somatic mutations in miRNA biogenesis genes& ...
-
把tcga大计划的CNS级别文章标题画一个词云
TCGA计划官方文章在:https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga/publ ...
-
WHO肺部肿瘤组织学分类(第5版,2021)
点击关闭阅读界面 WHO肺部肿瘤组织学分类(第5版,2021) 阳光 Lv.8 2021-5-9 18:00 关注 参考WCLC 2020和后续报道资料整理.欢迎学习和分享,存在缺陷和可能的谬误,请各 ...
-
你其实应该庆幸你的研究领域不是肿瘤
肿瘤领域的数据挖掘文章真的是"烂大街"了,一个比较成熟的分析策略很容易迁移到TCGA数据库的全部其它各种癌症研究领域.哪怕是再稀有的肿瘤,甚至肿瘤的某个稀有亚型,都是做了几十篇文章 ...
-
WHO|肺肿瘤分类目录2021版
国际癌症研究机构(IARC)于2021年5月出版了<WHO胸部肿瘤分类(第5版)>.与2015年出版的<WHO胸部肿瘤分类(第4版)>相比,<WHO胸部肿瘤分类(第5版) ...
-
TCGA各大癌症的somatic突变全景图鸟瞰(动态交互)
前面我们开通了明码标价专栏: ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600 单细胞转录组的质控降维聚类分群和生物学注释仅收费800 普通转录组上游分析仅收费800 公共数据库的WGCNA分析仅需800 ...
-
癌症类型和样本代号详解TCGA
这是实战TCGA数据库的又一个知识点,如果你已经对TCGA有浅显的认识,那么我们应该根据研究方向找到自己的癌症类型,TCGA有一台完整的癌症分型,慢慢这个分型也成为了主流,你别不服气,如果我们有这样的 ...
-
原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练
准备工作 1. 安装conda 推荐使用偷懒方法,比如安装miniconda软件,下载地址:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/minicond ...
-
R包是否应该每次使用都联网?以及生信必备统计学实例推荐
在墙内搞生物信息学偶尔会遇到一些莫名其妙的问题,比如突然间有天就没办法使用下面这个函数: ### over-representation test kk.up <- enrichKE ...
-
单基因泛癌生信高阶模板结果展示
今年2月份我们推出了单基因泛癌分析的高阶版本.详见: 单基因泛癌高阶套路模板 可以说它的内容比今年发表的单基因生信的文章内容都要多 对比两篇单基因文章,一篇5分+,一篇未发表 速度最快的同学已经投4分 ...
-
生信分析零基础——从GEO到TCGA,让你从「门外汉」到「老司机」
什么是生信?提起生信,相信大家又爱又恨,得不到的永远在骚动.爱是不用做实验就能发原创研究,好棒啊.恨是看不懂那一大串代码,不会操作. 目前,不做实验发文章的主要有两大类:Meta分析,生信.其中生信文 ...
-
生信新思路:正常组织的选择性多聚腺苷酸化数据库
昨天介绍的TC3A是基于TCGA肿瘤数据来进行分析的,而这次的这个APA atlas (https://hanlab.uth.edu/apa/)则是基于GTEx的数据来分析的.如果不清楚TCGA和GT ...
-
全在这里啦!非肿瘤生信套路,学完这几个图可以就可以搞定!零代码教你复现这5图4表!(附详细操作教程)...
一文解读非肿瘤纯生信文章 从小白的角度,30分钟复现生信套路.今天为大家带来一篇2020年5月发表于中山大学学报的生信文章<基于生物信息学探讨合并心力衰竭的扩张型心肌病靶基因的预测>的复现 ...
-
这个最新ceRNA纯生信7+套路,让导师都兴奋得趴到桌子上了!我今天30分钟零代码教你复现(附详细操作教程)
解螺旋公众号·陪伴你科研的第2533天 7+纯生信ceRNA文章复现 在pubmed搜索ceRNA,发现很多实验类的文章,做了很多内容,但是只发了2-3分,所以今天想和大家一起学习2021年1月发表于 ...
-
这些图表是生信的入门分析,直接看着教程做,简单又好用!成就感soso的!
解螺旋公众号·陪伴你科研的第2582天 经典的单基因生信研究套路 今天跟大家一起学习一下非常经典的单基因生信研究套路,且如果看到本篇推送的小伙伴是研究乳腺癌的话,那真是幸运的一天呦,为何如此说呢,让我 ...
-
绝了!9+纯生信文章,我用15分钟零代码教你复现!老底儿都没了(附详细操作教程)
解螺旋公众号·陪伴你科研的第2520天 高分生信生信文章怎么做? 今天为大家带来一篇影响因子高达8.9分的一篇分析基因家族的生信文章,影响因子虽高,但复现难度却不大,借鉴意义非常大,性价比如此高的文章 ...
