非肿瘤研究如何利用公共数据库发表文章 / 开普饭

要分析测序数据,一般都会想到的是TCGA (当然GEO上也有部分的测序数据).但TCGA上只有肿瘤的相关研究,我们如想要研究其他疾病,甚至研究其他物种的测序数据, 其实可以看点别的,比如上EMBL-E ...

GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Arr ...

研究背景: 肺腺癌(LAD)是最普遍的肺癌类型.据报道,UDP-N-乙酰氨基葡糖焦磷酸化酶1(UAP1)的异常表达与癌细胞的许多生物学过程有关,但尚不清楚LAD中UAP1的表达. 研究方法: 生物信息 ...

Heterogeneity of MSI-H gastric cancer identifies a subtype with worse survival通过MSI-H胃癌的异质性识别生存期较差的亚 ...

随着高通量测序技术的迅猛发展,各种生物医学数据库应运而生,大数据挖掘技术已成为生物医学领域中最新最重要驱动力之一.GEO是当今最大.最全的公共基因数据资源库,包括基因的表达.突变.修饰等信息,涵盖几乎 ...

今天给大家总结一下零成本搞出SCI的方法,当然这里的方法是相对于做实验而言的. 一.meta分析 meta分析是早些年快速批量零成本生产SCI的最受欢迎的方法,因为不用复杂软件操作,只要一个人一台电脑 ...

作者介绍 :本文作者大可,四川大学华西医院肿瘤中心科研搬砖工,研究兴趣包括机器学习在高维组学问题中的应用,预测模型的开发与验证.已发表多篇生信和机器学习相关sci文章. 编辑校稿:白介素2 各位朋友大 ...

数据库技术是研究.管理和应用数据库的一门软件科学.通过研究数据库的结构.存储.设计.管理和应用的基本理论和实现方法,对数据库中的数据进行处理和分析. 本文我们将介绍几种数据库和数据挖掘技术,帮助临床研 ...

自从meta分析贬值了之后,生信数据挖掘成为了国内医生.研究生.博士.教师火爆的发文神器,可是令人头痛的事情来了,生信往往需要学习编程,其中R就必不可少,如果要挖TCGA.SEER,Perl或者Pyt ...

临床预测模型的建模效果好坏与数据质量直接相关,但如果你手上没有高质量的数据更没有时间去搜集数据该怎么办,利用已有的公共数据就是一个很好的解决方案. 本篇文章带来的是一篇利用SEER公共数据进行机器学习 ...

之前在一篇NC的文献(如何利用公共数据发NC)当中,提到过一个公开的测序数据(MSK-IMPACT).所以今天就来简单的介绍一下这个数据集.这样,在进行公共数据挖掘的时候,除了TCGA.同时也可以考虑 ...

写在前面前段时间,我们介绍了两篇在OncoImmunology发表的简单的生信+实验的文章.最近又发现一个杂志(Genomics, IF = 6.205)也发表一些生信相关的文章.里面有些文章简单的 ...

我们在PubMed中进行检索TCGA的关键词,检索得到9334个结果:并且相关的发文量一直呈现出逐年递增的趋势,2019年就有2702篇文章. 因为关注我们公众号的小伙伴,对发表在SCI上的情况更为关 ...

从小白能懂的角度,聊生信方方面面.今天和大家聊一聊非肿瘤研究领域有哪些生信分析套路. 生信分析在医学科研中的应用已经越来越是大势所趋了. 为什么生信分析会这么火? 最重要的原因是便宜.性价比高. 一方 ...

今天给大家分享一篇关于COPD(慢性阻塞性肺病)的文章"Identification of Inflammation-Related Biomarker Lp-PLA2 for Patien ...

免疫检查点抑制剂是现在临床和科研热点,其中免疫检查点基因通过双信号机制调控肿瘤微环境中最主要的免疫细胞,T淋巴细胞的免疫应答活性而发挥作用.这些分子主要分为两类:一类是免疫球蛋白(immune glo ...

Lnc2Cancer v2.0:更新的人类癌症中实验支持的长非编码RNA的数据库. 我们知道,LncRNAs在介导各种细胞成分(包括蛋白质,RNA和脂质)之间的串扰中起着关键的作用,并且这些成分参与癌 ...

前言今天和大家分享的是2020年3月份发表在J. Cell. Mol. Med.杂志上的一篇文章(IF=4.658)"STAT1 and its related molecules as ...

非肿瘤研究如何利用公共数据库发表文章