一千零一技|小麦蛋白互作组使用及心得

最近Cell杂志发表了一篇题为“A Pan-plant Protein Complex Map Reveals Deep Conservation and Novel Assemblies”的资源型（resource）文章，公布了多个植物物种中的泛蛋白互作组，其中也给出了小麦中的数据。经过数据解码、ID转换等，目前文章中小麦的部分已经可以在我们网站查询了(一千零一技|小麦蛋白互作数据库)。

乍一看，相信很多读者与小编一样，还是蛮兴奋的，因为随着这些年小麦中拿基因变得越来越容易，利用分子、生化等手段解析这些重要基因的作用机制，就成为了新的掣肘之处。因此，有了这个蛋白互作组，可以快速的查看感兴趣基因编码蛋白的互作蛋白，机制似乎也就手到擒来了。而且，看着给的案例（TraesCS6D02G084800.1），一下可以检索到十几个互作蛋白，拍手称赞！

但科研哪有这么简单。

为了验证这个资源的效率，小编先拿最有名的VRN1来试水，因为VRN1的互作蛋白方面的报道，在小麦里算是多的。而且这篇Cell文章里也提到了VRN1的互作蛋白结果（小编注：这里指的是拟南芥中的VRN1，虽然也是控制春化，但与小麦的VRN1不是同一种类型蛋白）。

遗憾的是，用这个数据资源检索小麦VRN1（ABD三个拷贝都试了），里面一个互作蛋白都没有。

再用VRN2试试，Jorge组曾报道过它可以与NF-Y等多个蛋白互作。Sorry，还是一个都没检索到。

或许是因为VRN1和VRN2在多个物种间不够保守？那好，再用夏光敏老师团队14年PC发表的小麦耐盐关键蛋白SRO1试试，这个基因在拟南芥、水稻中的同源基因都与抗逆相关，且已经鉴定到一些互作蛋白。仍然是竹篮打水一场空。

我们网站对Cell文章的数据展示是没有问题的。但是如果我们回过头仔细阅读这篇文章，会发现其构建的蛋白互作组主要还是针对大的多蛋白复合体（Multi-Protein Complexes），包括蛋白酶复合体、转录复合体（Pol II等）、tRNA合成复合体、可变剪切复合体（施一公院士致力于解结构的）等。包括网站上的案例，也是小麦蛋白酶复合体的蛋白互作信息。

所以，如果你研究的蛋白是这种类型（多蛋白复合体中的成员），目前的这个资源还是很有用的。但要记得，这只是体外互作数据，还需要体内实验等多重验证。

如果不是上述类型，也不要气馁，多读文献，找找线索（我们网站也有很多其他可以用的资源）；蛋白互作筛选的方法也很多，多尝试一下，说不定可以筛选到新的互作蛋白，岂不更具创新意义？