STRING：蛋白互作网络构建 / 开普饭

写在前面关于探究的蛋白质相互作用的数据库,之前介绍过STRING就是这样的数据库,为什么很多生信的文章都是使用STRING来探讨基因之间的相互作用关系,主要原因还是STRING支持输入多个基因,寻找 ...

昨天我们介绍了一些网络分析当中用到的一些基础的知识(相互作用网络分析基础).对于基因组数据分析而言的话,我们能用到网络分析的就是蛋白相互作用分析(protein-protein ineraction, ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2522天简洁.明了.好用之前我们介绍了快速寻找RNA与RNA.蛋白质.DNA和化合物相互作用的好用网站,今天我们一起来看一下另外一个好用的数据库. GeneMANIA ...

解螺旋公众号·陪伴你科研的第2573天 RNAct数据库你的不二选择蛋白质与RNA的相互作用与许多生理作用和疾病有关.目前,约1400种人类蛋白质具有RNA结合活性的实验证据.但是,在这些蛋白质中只 ...

蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks,PPI) 是由蛋白通过彼此之间的相互作用构成,来参与生物信号传递.基因表达调节.能量和物质代谢及细胞周期调控等 ...

利用一周多的时间,我们把最最基本的生信套路来讲解了一遍.正好前几天一个小伙伴拿了一篇相关文献在咨询问题.这里就拿这篇文献来总结一下我们目前写的这些东西. 这次我们来讲解的这边文献是2019-10-12 ...

昨天我们介绍了ConsensusPathDB的基本功能以及其在蛋白相互作用查找当中的使用.今天我们继续把ConsensusPathDB剩下的功能来进行介绍.2. 基因富集分析2.1 数据库输入对于这类 ...

之前小编为大家推送了利用DAVID网站进行差异基因的GO和KEGG分析,而基因功能注释后就可以寻找蛋白表达之间的关系了,在生信分析中,常常会使用STRING网站+Cytoscape软件来制作蛋白互作网 ...

有的小盆友,还是没有想通,要怎么样才能把自己的基因扯上明星分子. 这种间接作用靠不靠谱啊?或者说这种相关性能说明有相互作用么?或者说,他们直接有没有直接相关性呢? 好吧,大家要知道的是,大多数的蛋白相 ...

基于KEGG数据库中蛋白和蛋白之间的相互作用关系,构建基因的相互作用网络图,而基因共表达网络根据基因在样本中的信号表达值,利用基因间的(相关系数)来拟合基因的无标度网络关系,构建基因间的共表达网络,将 ...

那天突然在NCBI上发现了一个蛋白质互作.分子对接的工具 --还蛮有意思,这个工具就叫宜必思-- 输入PDB ID后,就可以查询了, 这里就随便输了一个蛋白的PDB ID-- 点击上面的Network ...

为进一步提高<微生物组实验手册>稿件质量,本项目新增大众评审环节.文章在通过同行评审后,采用公众号推送方式分享全文,任何人均可在线提交修改意见.公众号格式显示略有问题,建议电脑端点击文末阅 ...

撰文:存在一棵树 IF=38.637 推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐ 亮点: 通过15650次免疫沉淀构建了两个蛋白质组规模的细胞系特异性相互作用网络,该网络对相互作用组进行建模,通过相互作用组的结构编码蛋白质功 ...

王一在病原菌侵染植物的过程中,一些病原菌会分泌效应蛋白到宿主细胞中,抑制宿主的防卫反应.过去对效应因子的研究往往仅针对单个效应因子.研究个别效应因子的功能可以帮助我们深入探索病原菌与植物互作的机制, ...

各位小伙伴,大家好,今天向大家介绍一款简单好用的功能富集分析/靶基因预测的软件-FunRich. FunRich (Functional Enrichment analysis tool) 是一个主要 ...

STRING：蛋白互作网络构建