视频 | 基因互作网络与共表达网络结果讲解 / 开普饭

●STRING数据库介绍 ● 做科研的时候,为了研究蛋白之间的相互作用网络,我们需要借助一些蛋白质相互作用数据库,而string(Search Tool for the Retrieval of In ...

昨天我们介绍了一些网络分析当中用到的一些基础的知识(相互作用网络分析基础).对于基因组数据分析而言的话,我们能用到网络分析的就是蛋白相互作用分析(protein-protein ineraction, ...

昨天我们介绍了ConsensusPathDB的基本功能以及其在蛋白相互作用查找当中的使用.今天我们继续把ConsensusPathDB剩下的功能来进行介绍.2. 基因富集分析2.1 数据库输入对于这类 ...

昨天我们介绍了利用STRING数据库来进行蛋白相互作用预测(STRING:蛋白相互作用数据库的使用),但是我们只是获得了相互作用网络分析的数据以及可以使用的相关网络分析的图,对于核心基因的筛选还是没有 ...

前两天,我们对富集分析进行了简单的介绍(基因富集分析算法介绍)以及介绍了一个进行基因功能富集分析的网站(WebSestalt富集分析软件),但其中提到的拓扑网络分析介绍的比较少.今天我们就来说一说基本 ...

作图丫聚焦生信技能,前沿文章,个性绘图以及生信技能培训.有兴趣的小伙伴快来关注吧! ---------分割线---------- 对于相互作用分析的而言,我们之前介绍过STRING.BioGRID和C ...

表达谱数据分析的时候,经常包括各种各样的分析.比如差异表达分析,富集分析,GSEA,蛋白相互作用分析等等等等.NetwordAnalyst(https://www.networkanalyst.ca/ ...

编译:小北,编辑:景行.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读基本原理:FOXA1是乳腺癌.肺癌以及前列腺癌起始和发展过程中关键的转录因子.之前对FOXA1转录调控网络的研究主要聚焦于蛋白编码基因 ...

我们熟知,在特定情况下,microRNA(miRNA)可以直接或间接激活和抑制基因表达.但是,尚没有基于多组学的数据库能够证明对激活与抑制以及正常与癌症状况之间相互作用模式转换的系统数据.今天我们为大 ...

本文由可爱的乔巴根据实践经验而整理,希望对大家有帮助. 原创微文,欢迎转发转载. 导读上期介绍了利用WGCNA包中的Cor函数和corPvalueStudent函数计算两组小样本的相关性并进行热图可 ...

推荐:江舜尧编译:永稷编辑:马莉华中农业大学生命技术学院综合生物学研究中心作物遗传改良国家重点实验室的王学路教授以通讯作者于2019年4月12日在新植物学家期刊<New Phytologi ...

撰文:存在一棵树 IF=38.637 推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐ 亮点: 通过15650次免疫沉淀构建了两个蛋白质组规模的细胞系特异性相互作用网络,该网络对相互作用组进行建模,通过相互作用组的结构编码蛋白质功 ...

王一在病原菌侵染植物的过程中,一些病原菌会分泌效应蛋白到宿主细胞中,抑制宿主的防卫反应.过去对效应因子的研究往往仅针对单个效应因子.研究个别效应因子的功能可以帮助我们深入探索病原菌与植物互作的机制, ...

各位小伙伴,大家好,今天向大家介绍一款简单好用的功能富集分析/靶基因预测的软件-FunRich. FunRich (Functional Enrichment analysis tool) 是一个主要 ...

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