技术贴 | R语言：构建一个转录代谢互作调控网络：（二）热图的美化以及大样本分组信息的快速注释
本文由可爱的乔巴根据实践经验而整理，希望对大家有帮助。
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上期介绍了利用WGCNA包中的Cor函数和corPvalueStudent函数计算两组小样本的相关性并进行热图可视化。这期主要针对热图的美化，热图美化主要做了热图上色的美化和行列样本信息的注释两部分，希望可以帮助到大家。
GeneCorMeta <- read.csv("GeneCorMeta.r.csv",header = T,row.names = 1) ##读取我们上期保存下的相关性结果。
library(pheatmap) ##载入pheatmap包
pheatmap(GeneCorMeta, show_rownames = F, show_colnames = F) ##使用pheatmap包进行热图绘制，因为样本量较大，展示的行名和列名无法观看，所以在这块使用show_rownames和show_colnames参数不展示行名和列名。
## 热图美化
## （1）颜色美化
一、使用colorRampPalette函数进行渐变配色。
pheatmap(metaCorGene, show_rownames=F, show_colnames=F, colorRampPalette(c('blue','white','red'))(100)) ##指定颜色从蓝色到白色到红色进行渐变。
pheatmap(metaCorGene, show_rownames=F, show_colnames=F, colorRampPalette(c('#008000','black','red'))(100)) ##颜色支持十六进制，可以去RGB去搜索自己想要得颜色，也可以通过颜色吸管去看别人热图得配色，然后应用到自己的热图上。（RGB颜色转换网址：https://www.sioe.cn/yingyong/yanse-rgb-16/）
二使用virids包进行热图美化。
library(viridis) ##载入viridis包，install.packages("viridis")进行virdis包安装。
？Viridis ##查看使用和配色。配色主要有5种。
pheatmap(metaCorGene,show_rownames = F,show_colnames = F,color = viridis(7)) ##这里的7指调色板的颜色数，图例可以看到有7个渐变等级。颜色数越多，数据的差异分组更明显。
pheatmap(metaCorGene,show_rownames = F,show_colnames = F,color = plasma(10)) ##这里的颜色数选择了10个，使用plasma配色，图例可以看到分为10个渐变色。
pheatmap(metaCorGene,show_rownames = F,cutree_rows = 6,cutree_cols = 14,show_colnames = F,color = plasma(10)) ## 使用cutree_rows和cutree_cols可对行和列按聚类进行分割。
对数据进行信息注释
首先开始添加行注释信息，整理我们的注释分组信息。
rowgroup <- read.table("Gene_group.txt",header = T,row.names = 1) ##这是我们相关性热图的行信息，可以自己分配，我这注释2个信息，第一列为基因ID信息，第二列为我们第一组注释，第三列为我们定义的一组注释信息。
rownames(rowgroup) = rownames(metaCorGene) ##将热图矩阵的行名信息与注释分组信息进行匹配。
pheatmap(metaCorGene,show_rownames = F,annotation_row = rowgroup,cutree_rows = 6,cutree_cols = 14,show_colnames = F,color = plasma(10)) ##使用annotation_row函数添加行注释信息。
colgroup <- read.table("Meta_group.txt",header = T,row.names = 1) ##读取列注释信息
rownames(colgroup) = colnames(metaCorGene) ##将热图矩阵的列名信息与注释分组信息进行匹配。
pheatmap(metaCorGene,show_rownames = F,annotation_row = rowgroup,annotation_col = colgroup,cutree_rows = 6,cutree_cols = 14,show_colnames = F,color = plasma(10)) ##使用annotation_col函数添加列注释信息。
这样下来，一张完美并展示有效信息的热图就做好了。其实热图美化还有很多比较好的函数可以使用，比如annotation_colors对图注进行配色，border_color添加热图框的颜色等，大家有兴趣的可以去研究。
感谢阅读！