基于全基因组的基因家族分析（1）：数据准备 / 开普饭

做人全基因的变异检测,首先需要下载人全基因组参考序列.参考序列主要是一些已发表物种基因组的一些信息,可以包括基因组序列,基因的核酸序列,基因的氨基酸序列,坐标文件,注释信息等,需要针对不同的分析目的, ...

gffread gffread: used to generate a FASTA file with the DNA sequences for all transcripts in a GFF f ...

目录一.什么是参考基因组和基因组注释?二.参考基因组版本命名1.常用人参考基因组对应表2.常用小鼠参考基因组对应表三.下载1.NCBI2.Ensemble3.GENCODE4.UCSC5.iGenom ...

写在前面写在前面最近分析的物种由于国外品种与国内品种差异还是比较大,虽然大部分文章用的参考基因组都是以国外品种为主,但是由于考虑到目前我这边数据几乎全部都是来源于国内品种,因此在考虑是不是用国内品 ...

写在前面前述,我们通过<安装 | 比较基因组系列之一 - WGDI 软件安装与配置>一文,带大伙安装和配置了我们 WGDI 软件.接下来,我们直切主题,从实例数据开始,手把手带大家进行比 ...

大家好,我是技能树的老朋友啦,三年前在群主的第一波RNA-seq入门8步活动中因为表现优异获得群主青睐成为技能树VIP一员,也开启了自己的学习经验分享人生! 转录组入门传送门考虑到技能树过于偏重于肿 ...

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易点评: 作为消化道常见恶性肿瘤之一,胰腺癌在肿瘤领域素有"癌症之王"的称号,据柳叶刀杂志记载,胰腺癌大多一经发现即为中晚期,确诊后的五年生存率约10%,是预后最差的恶性肿瘤之一. ...

皮刺是指植物表皮或皮层形成的尖锐突起,通常被认为是植物的防卫适应组织,保护植物免受动物.病原体或机械伤害.许多蔷薇科.豆科和芸香科等植物的茎杆.叶子和果实上都有皮刺,但幼嫩或发育早期的皮刺功能尚未得到 ...

编译:不二,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读在临床和科学研究中,血液都是人类进行分子分析的主要来源.它是许多治疗策略的目标,所以需要对构成人血的细胞进行全面的分子图谱分析.在这项 ...

这里选取的是 GATK best practice 是目前认可度最高的全基因组重测序分析流程,尤其适用于人类研究. PS:其实本文应该属于直播我的基因组系列,有两个原因把它单独拿出来, 首先,直播我 ...

普通小麦是一个由三个密切相关的亚基因(AABBDD)组成的异源六倍体.它被认为起源于两次多倍化事件:第一次是野生四倍体小麦(AA)与未发现的节节麦谱系(BB)杂交形成的四倍体,距今约50万年;第二次是 ...

Genome-Wide Identification and Characterization of the CsFHY3/FAR1 Gene Family and Expression Analys ...

最近在探索全基因组基因家族的分析方法,而找到某一家族需要通过保守结构域来预测. 从而找到物种的某一基因家族,从而进行之后的分析. 这里就需要用到HMMER3.1软件,鉴定物种某一基因家族.下面开始HM ...

基于全基因组的基因家族分析（1）：数据准备