全基因组基因家族的分析系列之HMMER3.1使用 / 开普饭

写在前面从某个物种中鉴定某个家族的全部成员,一般有两种操作: 基于Domain,用hmmsearch等软件基于序列相似性,用BLAST等软件事实上,我个人是推荐第二种,尤其是目前绝大多数物种的基 ...

写在前面 Pfam 报错解决方法 Pfam作为常用蛋白质结构域筛选的软件之一,这里记录使用遇到的问题一. 安装要点 1. 安装 PfamScan ① 解压即可,并将pfam_scan.pl 第一行设 ...

写在前面 KEGG Ortholog (KO)是最早的一批构建基因家族用于自动化基因功能注释的,随着基因组序列越来越多,虽然有加速版BLAST(Diamond)存在,对氨基酸序列库进行序列相似性搜索也 ...

简单介绍 HMMER,从软件名字来看就知道其实用的隐式马可夫模型来做分析的,具体是用于分析生物序列.虽然他也可以当做Blast的替代工具(-并不能提高效率,但能提高敏感度),但我认为,其最大的优点在于 ...

易点评: 作为消化道常见恶性肿瘤之一,胰腺癌在肿瘤领域素有"癌症之王"的称号,据柳叶刀杂志记载,胰腺癌大多一经发现即为中晚期,确诊后的五年生存率约10%,是预后最差的恶性肿瘤之一. ...

编译:不二,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读在临床和科学研究中,血液都是人类进行分子分析的主要来源.它是许多治疗策略的目标,所以需要对构成人血的细胞进行全面的分子图谱分析.在这项 ...

这里选取的是 GATK best practice 是目前认可度最高的全基因组重测序分析流程,尤其适用于人类研究. PS:其实本文应该属于直播我的基因组系列,有两个原因把它单独拿出来, 首先,直播我 ...

Genome-Wide Identification and Characterization of the CsFHY3/FAR1 Gene Family and Expression Analys ...

大家好,我是技能树的老朋友啦,三年前在群主的第一波RNA-seq入门8步活动中因为表现优异获得群主青睐成为技能树VIP一员,也开启了自己的学习经验分享人生! 转录组入门传送门考虑到技能树过于偏重于肿 ...

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生物空间站 17篇原创内容公众号名词解释和基本问题:关联分析:就是AS的中文,全称是GWAS.应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态:SNP为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过 ...

普通小麦是一个由三个密切相关的亚基因(AABBDD)组成的异源六倍体.它被认为起源于两次多倍化事件:第一次是野生四倍体小麦(AA)与未发现的节节麦谱系(BB)杂交形成的四倍体,距今约50万年;第二次是 ...

全基因组基因家族的分析系列之HMMER3.1使用