简单易学5分+单细胞挖掘套路!
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使用inferCNV分析单细胞转录组中拷贝数变异
inferCNV用与探索肿瘤单细胞RNA-seq数据,分析其中的体细胞大规模染色体拷贝数变化(copy number alterations, CNA), 例如整条染色体或大片段染色体的增加或丢失( ...
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Nature Genetics:迄今最全面乳腺癌单细胞空间图谱
编者按 睡眠与认知,是你我都避不开的话题! "脑认知与睡眠"公众号,主要关注大脑的学习认知,与睡眠相关的科研资讯与科普,同时搭建一个"脑认知与睡眠"研究方向的科 ...
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单细胞多组学揭示PD-L1免疫治疗联合紫杉醇化疗在三阴性乳腺癌中的作用机制
三阴性乳腺癌是指癌组织免疫组织化学检查结果为雌激素受体(ER).孕激素受体(PR)和原癌基因Her-2均为阴性的乳腺癌.这类乳腺癌占所有乳腺癌病理类型的10.0%-20.8%,但其具有特殊的生物学行为 ...
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单细胞测序基础知识
一.单细胞测序 学习scRNA-seq先了解一下Bulk RNA-seq Bulk RNA-seq:测量一个大的细胞群体中每一个基因的平均表达水平,对比较转录组学(例如比较 不同物种的相同组织) 是有 ...
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Dev Cell|玉米穗的单细胞RNA测序有助于功能分析和性状候选基因的发现
作物生产力取决于分生组织的活动,分生组织产生优化的植物结构,包括玉米穗的结构.全面了解发育需要了解细胞类型和发育域的多样性以及指定它们所需的基因网络.到目前为止,这些基因主要是通过形态学和经典遗传学的 ...
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科普讲堂|一文讲明白什么是单细胞测序
简介 单细胞测序技术,简单来说,就是在单个细胞水平上,对基因组.转录组及表观基因组水平进行测序分析的技术.传统的测序,是在多细胞基础上进行的,实际上得到的是一堆细胞中信号的均值,丢失了细胞异质性(细胞 ...
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单细胞分析揭示结肠癌髓系靶向治疗机制
Highlights 单细胞RNA-seq分析说明了在人类和小鼠的结直肠癌中存在保守的骨髓细胞子集. 两个完全不同的巨噬细胞各自显示了炎症和生成血管特性. 两个不同的巨噬细胞对CSF1R blocka ...
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表达量何须以基因为单位
单细胞转录组下游的降维聚类分群这样的基础操作相信大家应该是都没有问题了,参考前面的例子:人人都能学会的单细胞聚类分群注释 ,只需要你有一个基于基因的表达量矩阵的分析. 对转录组数据(包括单细胞转录组 ...
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综述 | Frontiers in Oncology : 不断变化的RNA测序技术及其在临床肿瘤学中的应用(国人作品)
编译:夕夕,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 RNA测序(RNAseq)是生命科学领域最常用的技术之一,已广泛用于癌症研究,药物开发以及癌症诊断和预后.在各种生物学和技术问题的推动 ...
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这是你要的5+单细胞挖掘思路吗?
导语 今天和大家分享的是今年7月份发表在Cancer Immunology, Immunotherapy 杂志(IF=5.442)上的一篇文章,"Integrated analysis of ...
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B细胞-肿瘤免疫的新星!
在过去的十年里,T细胞在肿瘤免疫监测中的重要性是公认的,但是对B细胞的研究却少得多.一些研究表明,B细胞的存在和功能也可以被认为是癌症的一个重要预后因素.与T细胞相比,虽然在肿瘤组织中被发现的浸润B细 ...
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最新单细胞测序高分文章解析
本期我们回顾下6月份单细胞领域发表的文章,并挑选其中的高分文章进行分享. 小编在Pubmed搜索了2021/06/01-2021/06/31在Title/Abstract中出现single cell或 ...
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7+单细胞调控网络发文思路送你一份
前言 今天和大家分享的是2020年12月份发表在Molecular Therapy杂志上的一篇文章(IF=7.031)"Single-cell RNA-seq dissects the in ...
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科研 | Aging-US:基于单细胞RNA-seq的透明细胞肾细胞癌转移相关预后信号的开发和验证(国人2区作品)
编译:不二,编辑:十九.江舜尧. 原创微文,欢迎转发转载. 导读 最近,很多研究利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)来解析包括透明细胞肾细胞癌(ccRCC)在内的所有细胞亚群的肿瘤内异质性.在这 ...
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文献详解|不花大价钱也能轻松发单细胞高分文章!
提到单细胞测序,如果你还是只想到了"太贵"而打算放弃这个科研热点的话,那小编再次提醒你,不要忘了<公共数据库>这一科研利器!用别人的数据,发自己的文章,下面小编就给大家 ...
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单细胞测序揭示PD-L1免疫治疗联合紫杉醇化疗在三阴性乳腺癌中的作用机制
文章信息 题目:Single-cell analyses reveal key immune cell subsets associated with response to PD-L1 blocka ...